津成木第一中学校に通う主人公・朝日奈みらいは、もうすぐ中学2年生になる女の子。春休み中の十六夜月が輝く夜、みらいは無動作に飛行して落下した紫色の物体を目にする。翌日みらいは大事にしているくまのぬいぐるみ・モフルンを連れ昨日の物体の捜索に桜並木の遊歩道へ出掛ける。そこでモフルンをうっかり落としてしまい「落ちたわよ、ダメよ気をつけなきゃ」と上からの声にみらいが見上げると、そこには魔法のほうきで浮遊する少女がいた。彼女は魔法つかいのリコと名乗り「魔法の宝石リンクルストーン・エメラルドを探しに魔法界から人間界（魔法界ではナシマホウ界と呼称）へやってきた」と説明する。その時だった、同じくリンクルストーン・エメラルドを手に入れ世界侵略を企む闇の魔法つかいドクロクシー配下のバッティと怪物ヨクバールが現れる。みらいとリコは襲撃に遭うが、2人の持っていたペンダントがリンクルストーン・ダイヤへと変化し「伝説の魔法つかい」である魔法つかいプリキュアに変身。敵と対峙することになる。みらいは「奇跡」の力でキュアミラクルへ、リコは「魔法」の力でキュアマジカルへと覚醒しバッティらを退却させる。またその力でモフルンが言葉を話せるようになり、さらに魔法が察知できるようになる。