ヴェスパニア王国で悲しい事故が発生した。叔父のジラード公爵（屋良有作）に連れられて王子がキツネ狩りに出かけた森で、母・サクラ女王が死亡。責任を感じた王子が、拳銃自殺を図ったのだ。母と兄を突然失ったミラ王女（堀江由衣）が王位を継ぐことになるが、王国では反対デモが相次ぎ、ミラも心を閉ざしたまま。女王と王子の死に疑問を抱いたミラの側近・キース（緑川光）は、日本でのレセプションへの出席を口実にミラを国外に連れ出すことに。 しかし、ミラにとっては日本も安全ではなかった。彼女を狙った何者かが、レセプション会場のワインに毒を仕込んでいたのだ。偶然居合わせ、ミラと蘭（山崎和佳奈）の瓜二つぶりに驚いていたコナン（高山みなみ）が異変に気付き事なきを得るが、その直後、ミラがレセプション会場のホテルからいなくなってしまう！ 同じ頃、ルパン（栗田貫一）は次元（小林清志）とともにヴェスパニアの鉱山に潜入していた。次なるルパンの狙いは、王国に伝わる秘宝「クイーンクラウン」。それを手に入れるためには、この鉱山でしか採取できない希少鉱物・ヴェスパニア鉱石が必要なのだ。しかし、かつて次元の手で徹底的な指導を受けた王国の軍隊に発見され、２人は大慌て！　鉱石を手に命からがら現場を後にする。 ルパン三世VS名探偵コナン 一方、ホテルの近くで偶然蘭と出会ったミラは、機転を利かせてお互いの洋服を交換。制服姿で行方をくらませようとしていたところをコナンに見破られてしまうが、そこに不二子（増山江威子）が助けに現れた。そのまま、ミラは不二子とともに東京の夜の街へ…。その頃、ホテルに戻り事情を説明した蘭は、キースに頼まれて翌日の帰国の朝までミラの代理を務めることに。そして翌朝、キースの手で眠らされた蘭は、王室専用機に乗せられてヴェスパニアへ!! 蘭のピンチを知ったコナンは決死の覚悟で飛行機に潜り込んだ。 同じ頃、不二子に連れられてヴェスパニアに戻ったミラは、ルパンと合流。一方小五郎も、銭形警部（納谷五郎）とともにヴェスパニア入りを果たした。五ェ門（井上真樹夫）も密かに行動を開始し…。 果たしてコナンは王家に渦巻く陰謀の黒幕を突き止めることができるのか!?　そしてルパンが狙ったお宝に隠された秘密とは…!?　ルパンとコナンの運命や、いかに!!