学生数5万人、教職員8000人を数える国内有数の学校法人「汐美学園」。数多くの学生寮、各種スポーツ施設はもちろん、カフェレストランから路面電車まで備える充実ぶりで、特に「大図書館」は国立図書館に次ぐ規模と言われている。筧京太郎はここ大図書館で、幽霊部員だらけの「図書部」に所属し、1人でゆったりと本を読んでいた。 4月。どんな願いでも叶えてくれることで有名な謎の羊飼いから「今日、貴方の運命を変える出来事があるでしょう」というメールをもらった筧は、白崎つぐみと知り合う。友人の桜庭玉藻と共に学園をもっと楽しくするための活動を始めていたつぐみは、玉藻や筧の友人・高峰一景と共に図書部へ入部する。生徒からの相談を受け付け、悩みを解決することで学園を楽しくしようという活動を通じ、鈴木佳奈と御園千莉も入部した。コスプレによるビラ配りで知名度を上げた図書部は多数の依頼を受けるようになり、図書委員の小太刀凪からの注意を受けつつ、6月には独自のイベント「ミナフェス」を成功させた。図書部の6人は何れも羊飼いから同様のメールを受け取っていたことから、活動と並行して羊飼いの謎を追っていたが、京太郎だけがついに正体を突き止めた。 そして7月。図書部の活動を通し、筧は特定の女性の悩みと付き合い、深く触れあうようになる。