オプティマスプライムによりサイバトロン星への通路「スペース・ブリッジ」が破壊され、正義のオートボットと悪のディセプティコンの戦争が終わってから15年。 フィラデルフィアからペンシルベニア州の小さな町ウィトウィッキーに引っ越してきたマルト一家のロビーとモーの兄妹は、偶然入った洞窟で、テランと呼よばれる地球生まれの新らしいトランスフォーマーを誕生させてしまう。 テランのツウィッチとスラッシュの2人とロビーとモーは手に付けられたサイバー・スリーブによって感情がつながっていることに気付く。そしてテランのふたりはマルト一家の家族として生活を始めるのだった。オプティマスプライムは人間とトランスフォーマーが平和に暮らせる世界を目指し、ゴーストと呼ばれる秘密組織で働き、ディセプティコンをとらえていた。そんな中、最近ディセプティコンたちが消えているという噂を耳にする。 新たな敵がウィトウィッキーの町に迫っていると察知したオプティマスは、かつて戦争でともに戦ったロビーとモーの母親ドットを訪たずね、ゴーストに協力してほしいと頼む。謎に包まれたゴースト組織・・・ テランたちが見つかればつかまってしまう。 そしてトランスフォーマーたちを狙う新たな敵とはいったい何者なのか。家族を、トランスフォーマーたちを守るため、みんなで敵に立ち向かう！