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その昔、とある国に隕石が落ち、そこに特殊な力を授かりし者たちが現れた。 彼らは『忍者』と呼ばれ、乱世の時代、大名に仕え、 諜報活動を中心とする様々な任務に当たった。 しかし時が流れ、いつしか忍者は不要な存在に。 そうして忍者たちは追われるように海を渡り、世界各地へと散っていった。時は流れて現代。忍者の子孫たちは自分たちの持つ特殊な能力、シノビの力を存続させるため、 世界忍者協会「WNA」を設立。 そして『WNA』は身体の中に眠るシノビの力をより強力に引き出すことができる 「ニンジャガム」の研究開発に成功するのだった。 最強のシノビの力を持つ忍者を探し出すため、 ニンジャガムを使ったエクストリームニンジャ競技大会「ニンジャラ」が開催されるが、 その大会の裏ではニンジャガムを巡る事件、陰謀、 そして未知なる生物の存在が交錯していた…。
2039年、人類は温暖化に伴う急激な海面上昇により、地上での版図を大きく失った。それに呼応するかのように、霧を纏う謎の軍艦群「霧の艦隊」が世界各地の海洋に出現、搭載した超兵器で人類の艦を攻撃し始めた。人類は持ちうる戦力を投入し、最終決戦「大海戦」に臨むも、「霧」の圧倒的な武力の前に脆くも敗れ去った。全ての海域、運搬経路を「霧の艦隊」によって封鎖され、政治経済は崩壊、人類は疲弊の一歩をたどっていた――― 「大海戦」から7年。士官候補生・千早群像の前に現れた、「霧の艦隊」の潜水艦「イ401」。敵であるはずの「イ401」、そのメンタルモデル「イオナ」との出会いは群像に、そして人類に何をもたらすのか・・・?
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