近未来、大都市の郊外。ジョー・ローガンは、愛する妻と息子の3人で慎ましく暮らしていた。ある夜、妙な気配で目を覚ました彼は、突如として現れた黒装束の忍者たちに襲われる。妻と子を殺され、自身もまた侵入者の武器に貫かれ、気を失ってしまう。奇跡的に一命をとりとめ病室で目覚めた彼。しかしその夜、病院に再び忍者たちが現れ――。

ジョー・ローガンは偽りの姿であった。その正体は組織を抜けた忍「ヒガン」。彼が居た忍び組織は、元々日本に属していたが、世界情勢の変化と頭領の交代により大国の配下となっていた。ヒガンは妻子の復讐のため、組織を潰す決意を固め、ひとり組織のアジトへ向かう。しかしそこは既にもぬけのからだった。更なる情報を得るため、ヒガンはFBI捜査官マイクにコンタクトをとる。それぞれの思惑を秘めて落ち合った先で、彼らが出会うのは――。

忍びの組織は引き続き、ヒガン抹殺に動く。組織には対抜け忍の切り札"死神"がいるが、頭領であるヤマジはヒガンへの接触を禁じていた。一方、FBI捜査官のマイクは、忍び組織による中華店襲撃事件を上層部がもみ消そうとしていることを知り、ヒガンと手を組み真実に近づくことにする。テクノロジーに詳しい相棒の捜査官エマを巻き込み、独自にAUZAの調査を始める彼らだが――。