3000万人を動員し、帝国領への大規模進攻を実行した自由惑星同盟軍だったが、ラインハルト率いる銀河帝国軍の反転攻勢により三個宇宙艦隊が壊滅。ヤン率いる第十三艦隊は、九割の戦力を維持していたものの、各艦隊は深刻な損害を被っていた。しかし、総司令官ロボスは、残る戦力のすべてをアムリッツァ星系へ集結させての決戦を命じ、ラインハルトもアムリッツァ星系に全艦隊を集結。再び、両軍の戦いの火ぶたが切られようとしていた。

自由惑星同盟領の4つの辺境惑星で次々と武力叛乱が発生。統合作戦本部長代行に就任したばかりのドーソン大将は、イゼルローン駐留艦隊を率いるヤンに、すべての叛乱の鎮定を命じた。しかし、ヤン艦隊が出撃するよりも早く、首都ハイネセンでクーデター勃発との報が届く。ヤンは、一連の事態はラインハルトの企てが招いたものだと見抜き、クーデターも予測していたが、その首謀者は思いもよらない人物だった。

ルグランジュをドーリア星域で破ったヤン艦隊は救国軍事会議に支配された首都星ハイネセンへと迫る。救国軍事会議議長グリーンヒルは厳しい状況を理解しながらも、ヤン艦隊はハイネセンの重力圏内へ突入することはできないと考えていた。ハイネセン軌道上には12個の首都星防衛システム［アルテミスの首飾り］が存在するからだ。しかし、ヤンには、［アルテミスの首飾り］を無効化する作戦があった…。