遊戯王デュエルモンスターズ
エピソード
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戦慄のブルーアイズ・ホワイトドラゴン
遊戯の祖父・双六が持つ町レアカード「青眼の白龍」を狙い海馬がデュエルを仕掛けてきた。倒れた祖父に代り遊戯が立ち向かう。
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幻想師(イリュージョニスト)ノー・フェイスの罠
遊戯の元に届いたビデオ、それはデュエルモンスターズの生みの親ペガサス・J・クロフォードのものだった。千年アイテムを持つペガサスが闇のゲームを仕掛ける。
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失われしエクゾディア
遊戯は祖父を救い出すため、ペガサス主催のデュエル大会に臨む。城之内も出場しようとする。彼には出場しなければならない事情があったのだ。
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インセクターコンボ
全国大会の優勝者・インセクター羽蛾と遊戯のデュエル。独特な王国でのルールにてこずる遊戯は、羽蛾の昆虫カードに追い込まれていく。
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究極完全態・グレート・モス
羽蛾の必勝コンボ・グレートモスが炸裂！遊戯は劣勢を跳ね返せるか!?勝利を手にすることができるのか?1
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華麗なるハーピィ・レディ
孔雀舞が現れ、デュエルの相手に城之内を指名。伏せたままでカードがわかる舞に城之内は苦戦する。しかし、失明寸前の妹のため城之内は負けられない!
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海神リバイアサン
遊戯たちの前に現れた梶木漁太は海のデッキを操るデュエリスト。海フィールドでの決闘は圧倒的に遊戯が不利だった！追いつめられた遊戯に逆転の秘策はあるか!?
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奪われたブルーアイズ・ホワイト・ドラゴン
海馬の弟・モクバが現れた。彼は参加デュエリストから盗んだデッキで遊戯に挑戦する。遊戯たちは海馬コーポレーションを乗っ取ろうと企むペガサスの陰謀を知る。
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起死回生！マジカルシルクハット
ペガサスから刺客・物真似師が差し向けられた。海馬の姿と声に遊戯は動揺する。そして海馬の青眼の白龍が遊戯に襲い掛かる。
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逆襲のブルーアイズ・ホワイト・ドラゴン
ペガサスの陰謀を知った海馬は、コンピュータネットで遊戯のデュエルに介入しようとしたが、ペガサスに阻まれる。海馬のカードの前に遊戯は絶体絶命の危機！
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友情パワー！バーバリアン1号・2号
舞のしもべとなった竜崎と城之内のデュエル。準優勝者竜崎の恐竜デッキに歯が立たない城之内を救ったのは、本田からもらったカードだった。
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黒き炎！レッドアイズ・ブラックドラゴン
レアカード・時の魔術師の力で城之内が竜崎を下す。その夜、舞とひとときの休息を取る一行。そこに現れたのは、なんとクラスメイトの獏良だった。
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メタモルポットの罠！炎の剣士危うし
千年リングの闇の力で遊戯たちはカードに封じ込まれてしまう。それはデュエルでの死が現実の死につながる闇のデュエルだった。
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漆黒のデュエル！闇晦ましの城
舞が、闇を操るプレイヤーキラーに襲われ、スターチップを失ってしまった。遊戯が立ち向かうが、特殊なデュエルリングでの卑怯な決闘に引きずり込まれてしまう。
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闇を切り裂け！光の護封剣
「後3ターンできさまは終わりだ!」圧倒的な劣勢の中で、遊戯はプレイヤーキラーを挑発する。光の護封剣で闇を照らした遊戯の次の手は!?
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激突！ブルーアイズVSレッドアイズ
海馬瀬人が王国に降り立った。遊戯が物真似師から取り返したデッキを受け取った海馬に、城之内が挑みかかる。城之内と海馬のデュエル！
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恐怖！リビングデッドの呼び声
海馬に歯が立たなかった城之内だが、気を取り直してデュエルに燃える。遊戯たちと離れたすきにバンデット・キースの罠に落ち、墓場フィールドでのデュエルに突入。
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右手に盾を左手に剣を
遊戯のアドバイス無しで過酷なデュエルを戦う城之内。切り札「時の魔術師」も不発で絶体絶命!城之内を探して、遊戯たちも地下洞窟にたどり着いた。
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迷宮のタッグ・デュエル
キースに地下に閉じ込められた遊戯たちは、地下迷宮を支配する迷宮兄弟と変則タッグデュエルをすることに。勝たなければ、外には出られない！
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三神合体！ゲート・ガーディアン
チームワークで猛攻をなんとか防ぐ遊戯と城之内だが、迷宮兄弟の最強モンスター「ゲートガーディアン」が立ちはだかった。勝機はあるのか!?
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悪魔竜！ブラック・デーモンズ・ドラゴン
遊戯と城之内の息の合ったコンボでゲートガーディアンを撃破！しかし迷宮の出口は、迷宮兄弟の謎掛けに秘められている。果たして出口はどっちだ!?
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宿命のデュエル！遊戯VS海馬
ペガサスの城の前で、海馬が遊戯を待っていた｡モクバを救うために、遊戯を倒しペガサスと戦いたい海馬。城壁の上で遊戯対海馬のデュエル開始！
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最強！華麗！究極竜
海馬の｢死のデッキ破壊ウィルス」により、遊戯は強力カードを失った。対して海馬は青眼の白龍の三体融合により「ブルーアイズアルティメットドラゴン｣を召喚！
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クリボー増殖！驚愕の結末
究極龍を葬る逆転の策を編み出した遊戯。しかし、勝利をとるか、海馬の命を救うか！究極の選択に遊戯の心は揺れる。
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涙のデュエル！フレンドシップ
スターチップを失った遊戯は茫然自失。舞が現れ、借りたスターチップを返そうとするが、受け取らない。遊戯に代り杏子がスターチップを賭けて舞に挑戦する。
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モクバを救え！海馬VSペガサス
モクバの魂を賭けて､海馬がペガサスと戦う。ペガサスのマインドスキャンの前に翻弄される海馬。青眼の白龍も奪われてしまう。
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海馬散る！無敵のトゥーンワールド
ペガサスの｢トゥーンワールド｣になすすべが無い海馬。死闘の末、力尽き、魂の牢獄に封印されてしまう。遊戯は打倒ペガサスを誓う。
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決戦前夜！ペガサスの秘密
決戦前夜、遊戯は祖父双六と海馬兄弟のため打倒ペガサスを心に誓う。本田たちは、ペガサスの秘密を探るため城の中を探索。眠り込んだ城之内は、決勝に参加するためのカードをキースに盗まれてしまう。
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絶体絶命！誘惑のシャドウ
遊戯と孔雀舞のデュエル開始。しかし、眼前のペガサスが気になりデュエル集中できない遊戯を舞が一喝。銀幕の鏡壁、誘惑のシャドウを繰り出す舞の攻撃で、遊戯は絶体絶命の危機に陥る。
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伝説の最強戦士 カオス・ソルジャー降臨
ハーピィズとハーピィズペット竜によって追いつめられてしまった遊戯。もう後が無い状況で、カオスの儀式を引きあて、カオス・ソルジャーを召喚する。
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凶悪・重機械デッキ
城之内は、決勝トーナメントに出場するためのカード「王の右手の栄光」をキースに盗まれていた。それと気づかず、カードを探すが見つからない。城之内の前に舞が現れ、カードを渡す。
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時を超えろ！レッドアイズ・ブラックメタルドラゴン
機械デッキのパワフルな攻撃に防戦一方の城之内。キースの戦法を真似ることで活路を見出す。レッドアイズをメタル化し、タイムマシンにより時を超えて召喚し、キースを粉砕する。
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友情の決勝戦 遊戯VS城之内(前編)
デュエリストとしての意地とプライドをかけて、城之内は遊戯に挑戦する。互いのカード、戦術を知るふたりによる熱い攻防。ふたりの脳裏を様々な思い出がよぎる。
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友情の決勝戦 遊戯VS城之内(後編)
遊戯からもらった「時の魔術師」によって、城之内は勝利を確信する。が、タイムマジックには城之内が知らない効果が秘められていた。正々堂々と闘ったふたりは友情を再確認する。
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最終決闘 遊戯VSペガサス
双六の魂を取り戻すため､海馬とモクバを救うため､そして城之内の妹の手術台のため､遂に遊戯とペガサスのデュエル開始。本田と獏良は海馬兄弟を救い出すため城に潜入する。
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攻略不能!? 無敵のトゥーン軍団
ミレニアムアイの力によって戦略を見透かされている遊戯にはなすすべがない。ペガサスのトゥーンワールドの前に戦意を喪失する。一方､本田は獏良がみせる闇の力に驚愕する。
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反撃開始！ マインドシャッフル
ペガサスの攻撃がはずれた!マインドスキャンの効果を消すために､ふたりの遊戯がマインドシャッフルをしていたのだ!トゥーンワールドを粉砕されたペガサスは､闇のゲームへと遊戯を引きずり込む｡
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邪眼発動 サクリファイス
本田は獏良の力の源･千年リングを棄て､モクバの救出にも成功｡しかし､闇の魔力の前に表遊戯が力尽き倒れてしまった。絶体絶命の遊戯。杏子たちは闇の中の遊戯を必死で応援する。
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光と闇の融合 ブラックカオス降臨
杏子たちの願いが遊戯に届き､ペガサスのマインドスキャンを封じることができた｡遊戯はマジシャン･オブ･ブラックカオスを召喚､ペガサスを打ち倒す｡ショックのペガサスは消えてしまった。
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キング オブ デュエリスト
ペガサスを探す遊戯たち｡しかし､闇の獏良がペガサスの千年眼を先に奪い取ってしまった｡ペガサスの日記を見つけて､一行は秘密を知る｡遊戯は闇の力により謎の男シャーディーと邂逅する｡
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アメリカからきた少女
王国から帰還した遊戯たち､魂を取り戻した双六を囲んで喜ぶ｡そこに少女が現れ､「ブルーアイズを返せ」と双六に迫る｡双六のかわりにデュエルを受ける遊戯。
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必殺のシャドーグール
少女･レベッカは双六の友人の孫娘だった｡ブルーアイズを奪われたと信じ込んでいたのだ｡遊戯はレベッカに勝ちを譲る｡そこに彼女の祖父が現れ､誤解を解く｡新たな友情に結ばれる遊戯とレベッカ。
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ビッグ5の罠 デュエルモンスターズクエスト
海馬瀬人は会社に戻り､ビッグ5と対決。彼らが作ったアドベンチャーゲームを評価するため､バーチャル世界に入った海馬は罠に捕らえられてしまう。モクバは遊戯たちに助けを求める。
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伝説の勇者 遊戯
モクバと遊戯､城之内の３人に､孔雀舞がパーティに加わった。捕らえられた海馬の情報を求めて旅を続ける一行。生け贄と間違われてモクバが魔物にさらわれる
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DMクエスト3 マスター・オブ・ドラゴンナイト
モクバが海馬と出会う。遊戯たちに合流し、最終ボスを倒す。ゲームに介入しようとしたビッグ５をバーチャル世界の中に閉じ込めてしまう。
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なぞの転校生 御伽龍児
転校生･御伽龍児が現れ､城之内や遊戯に対して挑発的な態度をとる｡新しいパッケージを開けてのデュエルで、御伽が城之内を倒し城之内は犬扱いされる。怒る遊戯に御伽が挑みかかる。「次はお前だ!」
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対決！ダンジョンダイスモンスターズ
遊戯は､ペガサスが残したもうひとつのゲーム｢ダンジョン･ダイス･モンスターズ｣での闘いに引き込まれる｡御伽が勝ったら、遊戯は二度とデュエルモンスターズをプレイしないと約束する。慣れないゲームに苦戦する遊戯。
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遊戯苦戦 ゴッドオーガスの猛攻
終盤戦。遊戯に新しいモンスターを召喚するためのスペースは残されていない。絶体絶命のピンチ。
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奇跡のディメンジョン ブラックマジシャン召喚
遊戯は最も信頼するブラックマジシャンの召喚に成功。遊戯は勝利し、御伽は引き下がる。ＤＤＭはＤＭと並んで、偉大なるゲームデザイナー･ペガサスの遺産として評価される。
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過去からの挑戦 戦慄のゼラ
遊戯の千年パズルを奪い取り、デュエルを申し込む謎の占い師、実は何者かに操られたバンデット･キースだった!次々に繰り出される強力なレアカードに苦戦する遊戯。
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砕かれた千年パズル
狂気に駆られたキースが、千年パズルをバラバラに壊してしまう。パズルが鎖に固定されているため、炎に囲まれながらパズルを組み立てようとする遊戯。はたして完成できるのか!?脱出できるのか!?
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失われた王(ファラオ)の記憶
エジプト考古局のイシズが海馬を呼び出し､デュエルモンスターズの原点となった古代の壁画を見せる｡海馬は古代エジプトでのデュエルのイメージを見る｡さらにイシズは盗まれた神のカードのことを語る。
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炎のダンスバトル
表遊戯の計らいで、闇遊戯と杏子のデート。ダンサーになる夢を語る杏子に不良ダンサーが絡む。ダンサーとのデュエル勝負に勝った遊戯は杏子と共にエジプト展に向かう。
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この町は、バトルシティとなる！
遊戯は自分の絵が描かれた壁画を見る。イシズと会い、自らの出自の謎を意識する。海馬はイシズから託された神のカードをシミュレートしその威力を知る。運命の戦いがはじまる。
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グールズ強襲 狙われた真紅眼の黒竜
城之内がグールズのレアハンターにレッドアイズを奪われる。まさにその日妹静香の手術の日だった。本田に連れられ静香と会った城之内は､諦めずに闘うことを誓う。
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激闘！バトルシティ開幕
大会が始まった。遊戯は城之内が奪われたレッドアイズを取り戻すため、レアハンターと闘う。
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逆転 連鎖破壊(チェーンデストラクション)
レアハンターの作戦を見破った遊戯だが、次のターンで「封印されしエクゾディア」は完成してしまう。「光の封殺剣」で時間を稼ぎつつ、遊戯は言葉でレアハンターを追いつめていく。
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エスパー絽場 サイキックデッキの恐怖
城之内の最初の相手は、ダイナソー竜崎を破ったエスパー絽場。相手の手札を見抜く超能力デュエリストを相手に城之内は大苦戦。その様子をインターネットを通じて静香と本田が見ていた。
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勇気ある賭け 廻れルーレットスパイダー
絽場のサイコショッカーを前に絶体絶命の城之内に杏子の声援が飛ぶ。「静香ちゃんが見てるのよ！」城之内は最後まであきらめない。運命を託したルーレットスパイダーが廻る。
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ブラックマジシャン使い パンドラ
遊戯の前に現れたグールズのデュエリスト・パンドラは、３枚の「ブラックマジシャン」をデッキに入れたブラックマジシャン使いだった。遊戯のブラックマジシャンが封じられてしまう。
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魂のブラックマジック
回転鋸が敗者を襲う必死のデュエル。ブラックマジシャンへの対策を用意したパンドラの前に追いつめられていく遊戯を救ったのは、ブラックマジシャンだった。
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魔術師の弟子 ブラックマジシャンガール
ブラックマジシャン使い・パンドラが知らない黒魔術師の弟子ブラックマジシャンガールで、遊戯がパンドラにとどめを刺す。そして、パンドラを操るマリクの声が！
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復讐の罠 暴走！パラサイド
インセクター羽蛾の挑戦を受けた城之内だが、デッキの中には「寄生虫パラサイド」が仕込まれていた。羽蛾の強力インセクトデッキに為すすべがない城之内！
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鋼鉄(はがね)の騎士 ギアフリード
城之内の「鉄の騎士ギアフリード」はパラサイド・コンボの影響を受けていなかった。卑怯なインセクター羽蛾に、城之内の逆転コンボが炸裂する。
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マリク始動 神のコンボ
マリクの操り人形が遊戯を襲う！寡黙な人形とはパントマイマーのことだった。神のカード「オシリスの天空竜」をもつパントマイマーにマリクの意識が宿り、遊戯との死闘が始まる！
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オシリスの天空竜
遂にオシリスの天空竜が召喚された。マリクは、手札の数だけ攻撃力を増す能力を、魔法カード「無限の手札」とのコンボで強化する。絶体絶命の遊戯！
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神を越えろ！究極の無限ループ
「無限などまやかしだ！神を超えてみせろ！」苦戦する遊戯に対して海馬の激が飛ぶ。オシリスの攻撃力は２万を超え、遊戯を圧倒する。遊戯は神を超えることができるか!!
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見えない敵 シーステルス||
遊戯の仲間がマリクに狙われている?!焦る遊戯は城之内たちを探す。そのころ、城之内は以前遊戯と闘ったことがある梶木漁太と水族館でデュエルを開始！
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伝説のフィッシャーマン
梶木漁太はやはり手強かった。シーステルス戦術を見破ったまでは良かったが、城之内の不利は続く。マリクの魔手が虎視耽々と城之内たちを狙っていた。
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仮面の呪縛 高層のデュエル
城之内らの元へと急ぐ遊戯と海馬の前に仮面のデュエリストが現れた。モクバをも捕らえたレアハンターたちとの命を懸けたタッグデュエルが始まる。
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封じられた神のカード
仮面レアハンターたちの連係プレーにより、生け贄召喚を封じられた遊戯と海馬。上級モンスターを召喚することも攻撃することもできない。城之内やモクバの安否も気がかりだ。
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結束せよ！
タッグデュエルで勝利するためには、結束の力が必要だ！仮面レアハンターたちの連携を乱し、遊戯と海馬が結束することはできるのか？
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オベリスクの巨神兵
遊戯のマグネット・バルキリオンが仮面デュエリストの手に落ちる。だが、遊戯と海馬の連携プレーで神モンスター「オベリスクの巨神兵｣を召喚。モクバは無事に脱出したが、杏子たちは捕らえられたまま。そして本田と静香も童実野町へ。
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絆(きずな)
城之内らを救出するために、童実野埠頭へ急ぐ遊戯、海馬、モクバ。バトルシティでの戦いを振り返る。そして、遊戯と城之内の約束・友情を振り返り救出を誓う。
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非情の決闘 遊戯VS城之内
遊戯たちを待っていたのは、マリクに操られた城之内。杏子を人質にとられ、遊戯と城之内の命を懸けたデュエル開始。
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届け！友情の真紅眼の黒竜
操られた城之内は禁止カードで遊戯を攻撃する。躊躇する闇遊戯に替わり、表の遊戯が前面に立つ。城之内との友情のカード「真紅眼の黒竜」を召喚。さらに千年パズルを城之内に託す。
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絶望へのカウントダウン
城之内への洗脳が少しずつ解け始める。マリクの命令に抗い、真紅眼の黒竜へ攻撃しない城之内。一方、本田と静香もグールズに追われ、御伽、舞と合流して、童実野埠頭にやってくる。
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ボクを撃て！運命のラストターン
精霊の鏡を使って自らのライフを０にした遊戯は錘に引きずられ海中に没する。我にかえった城之内が自分の身をかえりみず遊戯を救う。そして、海馬、静香たちがふたりを救うために動き出す。
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ゴーストデッキVSオカルトデッキ
遊戯を葬れなかったマリクは「バトルシティ」の決勝トーナメントに向かう。それを知った獏良は重傷の身でバトルシティに参加する。ゴースト骨塚と墓場でデュエル。
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忍者使い(ニンジャマスター)マグナム見参
パズルカードが指し示す「バトルシティ」決勝会場に向かう遊戯たちの前に、映画スター､ジョン・クロード・マグナムが現れた。デュエルで勝ったら結婚しろと、孔雀舞に迫る。
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バトルシップ発進！
決勝トーナメントは、巨大な飛行船の上の特設リング。海馬、遊戯、城之内、孔雀舞が集結。そこにナムと偽ったマリク、傷ついた獏良、そしてマリクと名乗るリシドが登場し、飛行船が発進する。
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天空のファーストデュエル 遊戯vs闇の獏良
トーナメントの１回戦は、獏良と遊戯。千年パズルに宿る闇の人格に操られた獏良は、ダークネクロフィアを召喚。遊戯はブラックマジシャンガールでダークネクロフィアを葬るが、それが恐怖のオカルトコンボの引き金だった。
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死を呼ぶウィジャ盤
フィールド魔法・暗黒聖域の効果で、遊戯のモンスターは怨霊に憑依され遊戯自身のＬＰが削られていく。さらにウィジャ盤を召喚。Ｄ・Ｅ・Ａ・Ｔ・Ｈの５文字がウィジャ盤に揃えば、遊戯の命はない！
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闇を砕け 神の一撃！
怨霊がさまよう暗黒聖域では遊戯に打つ手はない。遊戯に残された唯一の手は、神のカード・オシリスの天空竜を引き当てること。しかし、マリクは獏良の命を盾に遊戯を脅迫する。
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秘められた力 神のカードの謎
獏良は昏睡状態に。一方、遊戯の前にはシャーディが現れ、神のカードの呪われた歴史を語る。エジプトの古代遺跡を基に3枚のカードを作ったが、制作に携わった人間には次々と不幸がおきていた。強引に完成させたペガサスも、結局、墓守の一族に返したというのだった。
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城之内VSトラップデッキ
はやる城之内の対戦相手はマリクを名乗るリシド。洗脳され、操られた怒りをぶつけようとする。リシドは「王家の神殿」を出し、罠を張りめぐらせる。城之内は罠を消し去る「ハリケーン」を使うが、トラップ「アヌビスの裁き」を受ける。
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受け継ぎし魂(カード) サイコショッカー反撃！
モンスターが少ないリシドのデッキには、トラップモンスター「アポピスの化身」が隠されていた。城之内のライフポイントは一瞬にして２００に激減。サイコショッカーを召喚して罠を破壊するが、リシドは神殿の守護神「聖獣セルケト」を召喚。
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ラーの翼神竜を召喚せよ
城之内のモンスターを喰らい攻撃力を上げていく聖獣セルケトの前になすすべがない城之内。しかし、城之内はリシドの戦いぶりに直感する。「お前はマリクじゃねえ！」マリクはリシドに「ラー」を召喚するよう命じる。
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ラーの怒り 立て！城之内
リシドのデッキの中の「ラーの翼神竜」はコピーカードだった。リシドと城之内は神の怒りの雷に打たれ倒れる。先に立ち上がり勝利を得たのは城之内だった。そのとき、マリクのなかのもうひとつの人格が目覚める。
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舞VSマリク闇のデュエル
リシドが倒れたことによって目覚めたマリクの中に潜む残虐な人格と孔雀舞が戦う。マリクは闇のゲームによって、孔雀舞が最も恐れるものを見せて舞をいたぶる。それは、「孤独」だった。
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神のカードを奪え
孔雀舞の記憶から仲間の記憶が失われていく。杏子、そして城之内。失いたくない記憶を守るために、舞は精神力を振り絞り戦う。舞はマリクから、ラーの天空竜のカードを奪い取ることに成功する。
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古代神官文字(ヒエラティック・テキスト)の謎
ラーの天空竜のカードには、古代神官文字が書かれていて、舞には使えない。ラーはマリクの呪文によって鳥型に変形、舞を攻撃する。城之内が舞をかばい、さらに遊戯が城之内をラーの攻撃から守る。マリクの勝利。
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海馬VS8人目のデュエリスト
海馬の相手はイシズ。海馬はデッキ破壊によってイシズを圧倒するが、イシズは墓場と山札を交換するカードをによって形勢を逆転する。
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未来を変える一撃
未来を見ているイシズは、海馬にオベリスクを召喚させる。オベリスクには罠が仕込まれていた。海馬が攻撃しようとした瞬間、海馬の脳裏に古代のビジョンが走る。海馬はブルーアイズを召喚、勝利する。イシズが見た未来とは別の未来が始まった。
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明かされるイシュタール家の真実
イシズは墓守の一族の謎について語る。かつて千年アイテムと王の記憶のありかを守る為、俗世と離れ地下で暮らしていたが、ある事件を機にマリクは千年ロッドを我が物とし、力を持つ様になったと言うのだ。そのころ、マリクと獏良は闇のゲームで決闘する。
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闇 対 闇(マリク VS 獏良)
闇マリクと闇獏良の決闘①。負けた方が消える闇のゲームだ。獏良の中にはマリクの表の人格が宿っているが、闇マリクはデッキを一新し、札は読めない。攻撃を受けＬＰが削られた獏良の体の一部が、闇に消える。
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ONE TURN KILL
闇マリクと闇獏良の決闘②。獏良は「ラーの翼神竜」を奪って召喚するも、生け贄の攻撃力をゼロにされ攻撃できない。そればかりかマリクにカードを取り返され、プレイヤーのＬＰを攻撃力に変えるという第二の特殊能力に一瞬で敗れ、闇に消される。
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未知なる挑戦者 巨大機動要塞浮上
決勝の舞台・アルカトラズ島は目前。だが、バトルシップに異変が。突如、制御不能になり何者かのコントロールのままに海面に開いた基地に誘導される…謎の少年・乃亜と肉体を失ったビッグ５が、デッキマスターシステムでのデュエル対決を要求する。
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デッキマスター深海の戦士
謎のバーチャル世界に別々に放り込まれた遊戯達。遊戯の前にはビッグ１が現れてデュエル対決。負ければ肉体を奪われてしまう。深海の戦士に姿を変えたビッグ１に対し、遊戯はクリボーをデッキマスターに従えて挑む。
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恐怖の再生コンボ
遊戯vsビッグ１の決闘②。攻撃したポイントが自分のライフにはね返ってくる「リフレクター・ホール」、ダメージを受ける度にモンスターを特殊召喚する再生コンボに苦しめられる遊戯。一刻も早く決着をつけて、仲間を助けたいが…。突破口はあるのか。
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反撃のレインボーアーチ
遊戯vsビッグ１の決闘③。ギリギリまで追いつめられた遊戯。流れを変える為にはクリボーのデッキマスター能力に賭けるしかない！「虹色の祝福」とのコンボで、七色のクリボーのレインボーアーチを作り、ビッグ１に直接攻撃して逆転勝利。
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氷上の決闘 狙われた杏子
杏子の前に現れたのは、ペンギンをこよなく愛するビッグ２。氷上の世界を舞台に杏子はブラマジガールを、ビッグ２はペンギンナイトメアをデッキマスターに選びデュエル開始。ＬＰが減る毎に足元から凍り始めるシステムに杏子は追いつめられる。
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輝け！賢者の宝石
杏子vsビッグ２の決闘②。ビッグ２はデッキマスター能力でモンスターの攻撃力をアップさせ、杏子は半身氷づけに。杏子は遊戯との会話を思い出しマハーヴァイロの特殊能力で反撃。「賢者の宝石」を引き当て、遊戯のデッキにいるブラックマジシャンを召喚し、ダブルブラックマジックで勝利。
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デッキマスタージャッジマンの裁き
城之内を迎え撃つのは、ジャッジマンの姿をした元・法律顧問ビッグ３。城之内は炎の剣士をマスターに一気にガンガン攻める。調子に乗りすぎた城之内に対し、ビッグ３は「魔界の司法取引」で自らのLPを回復させる。
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勝利への賭け
城之内vsビッグ３の決闘②。「魔界の司法取引」で形勢逆転されピンチの城之内は、ギャンブルカードを発動し運に賭ける。が、はずれ続き。だがそれは、ビッグ３がイカサマでコントロールしていた。それを知った乃亜が怒り…
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男の花道 本田玉砕
本田・御伽・静香の前に現れた元・工場長のビッグ４は、３対１のデュエルを申込む。調子のいい本田は「城之内にデュエルを教えたのは俺だ」と言うが…。デュエル中もたえず静香をかばう本田。そして遂に自らのデッキマスターで犠牲になり、消えてしまう。
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聖女ジャンヌ 三位一体の攻撃
本田が消え動揺する御伽と静香。御伽は得意のダンジョンダイスモンスターズに持ち込み挽回するが、またピンチに。２人のもとへ辿り着いた遊戯達は「３人の力を合わせて」と言うが…。本田の残した伏せカードに運命を賭け、逆転勝利。
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さらわれたモクバ 海馬VSサイコショッカー
皆の前に現れた本田。だが魂はビッグ４に乗っ取られており、モクバをさらって逃げる。追う海馬の前には、元・側近でもあったビッグ５が立ちはだかる。海馬を知りつくした彼は、サイコショッカーをマスターにデュエル開始。
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宇宙からの攻撃サテライトキャノン
海馬ｖｓビッグ５の決闘②。ライフ回復コンボに苦しめられる海馬。宇宙空間に打上げられたサテライトキャノンはターン毎に攻撃力を蓄えるだけでなく、並のモンスターでは太刀打ちできない。あのカード…ブルーアイズを召喚するしか手はない。
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深まる謎 乃亜の正体
乃亜は海馬に「自分こそが剛三郎の唯一の息子であり、貴様は当て馬として海馬家に迎えられた」と告げる。海馬は過去の乃亜の映像を見て、年令の矛盾に気付く。一方、外の世界ではマリクが動き出す。
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ビッグ5の逆襲
ビッグ５の５人は奪った本田の肉体に入り込み、遊戯達に再戦を挑む。遊戯＆城之内vs５体のデッキマスターを有するビッグ５（本田）でデュエル開始。お互いの肉体を賭けた戦い!?。ビッグ５側は交代で本田の中に現れては攻撃する。
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狙われた城之内 勝利への連係プレー
遊戯＆城之内vsビッグ５達の決闘②。ビッグ５達は弱い城之内を集中的に攻撃し、LP３００までになる。遊戯は意味深な笑みを浮かべて伏カードを置き、誰もがトラップと思うが、実は城之内から敵の目をそらす作戦だった。２人は苦戦しつつも持ちこたえる。
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倒せ！ファイブゴッドドラゴン
遊戯＆城之内vsビッグ５達の決闘③。敵の５体のデッキマスターが融合して召喚されたファイブ・ゴッド・ドラゴンは、攻撃力５０００！。しかし遊戯等は幻影の騎士～黒魔法剣士で、ついには敵を倒すが、本田の肉体も再び消えてしまった。
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乃亜VS瀬人 天地創造の決闘(デュエル)
モクバを探す海馬の前についに乃亜が現れる。「どちらが海馬コーポレーションの真の後継者にふさわしいかデュエルで決着をつけよう」。海馬はカイザー・シーホースをデッキマスターに従えるが、乃亜のマスターは未だ謎に包まれている。
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無敵 デッキマスター奇跡の方舟
海馬vs乃亜②。乃亜のデッキマスターは奇跡の方舟。自信満々に勝利宣言をするが、海馬はその上を行っていた！そして、乃亜へのとどめの一撃のチャンス。だがモクバが飛び出し、乃亜をかばおうとする。海馬は攻撃を止めざるを得ない…
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モクバを救え！運命の第七ターン
海馬vs乃亜③。立ちはだかるモクバに攻撃できない海馬はチャンスを逃す。乃亜の容赦ない反撃が始まる。モクバは海馬の呼びかけに少しずつ自己を取り戻す。だが既にＬＰは7400ｖｓ400。海馬は「天界王シナト」に敗れ、モクバもろとも立像にされる。
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引き継ぎし山札(デッキ) 遊戯VS乃亜
遊戯は、モクバを盾にして海馬に勝った気でいる卑怯な乃亜が許せない。残された海馬のLP（400)を受け継ぎ、圧倒的に不利な状況で乃亜に挑む。スピリットモンスターシリーズの攻撃を受けて遊戯のLPは100に。
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LP10000VS100!!
遊戯vs乃亜②。乃亜はマスター能力でLPを増加させ遂に１万を超える。遊戯は、城之内達を次々と像にされて心理的にも追いこまれる。だが心の中にいる仲間達の声を聞き最後の可能性を信じて、海馬の残した３体のブルーアイズを召喚する。
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海馬家の闇
遊戯が乃亜に勝ち、仲間達も像から元に戻る。そこへ剛三郎が突如現れ、皆をこのバーチャル世界へ閉じ込めたと言う。脱出方法を知るのは乃亜のみ。遊戯たちは言われるがまま、バーチャル童実野町へ行く。
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エクゾディア・ネクロス
乃亜はモクバの肉体を奪い一人現実世界へ脱出し、要塞へ向けたミサイルのスイッチを押す。後にモクバの優しい言葉を思い出して引き返すが、発射機器をマリクに破壊され、止めることができない。一方、海馬と剛三郎はデュエルで決闘。
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脱出!!
ミサイルは刻一刻と要塞に向かっている。乃亜は、杏子たちから順にバーチャル世界から現実世界へ脱出させる。海馬は剛三郎とのデュエルに勝ち、遊戯と共に間一髪で脱出する。乃亜は自らバーチャル世界へ帰り、剛三郎と共に消える。
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決戦の地 アルカトラズ
バトルシップはアルカトラズ島に着地する。デュエルタワーにて対戦相手を決めるためのバトルロイヤルが開始される。遊戯、城之内、海馬、マリクはそれぞれの思いを胸に攻撃対象を思案する。
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バトルロイヤル！
バトルロイヤル②。海馬が城之内に攻撃すると遊戯が出て庇う。またマリクはダメージを「痛魂の呪術」で城之内に移し替える。しかしマリクのトラップを遊戯はカウンタートラップで返し、マリクもダメージを受ける。マリクと城之内が劣勢となる。
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それぞれの対戦者
バトルロイヤル③。城之内は海馬のトラップ効果を「墓あらし」と「痛魂の呪術」でマリクにダメージを振り替えて、まずマリクが負ける。城之内も遊戯との対戦の思いを吹っ切り、早くマリクと対戦して舞を助けるため、計算通りに負ける。
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闇の準決勝 城之内VSマリク
デュエルタワー頂上にて準決勝１戦、城之内vsマリクがデュエル開始。モンスターのダメージをプレイヤーが体感する闇のゲームだ。城之内はモンスターに巻き付いたプラズマイールからの電撃を受けて、同じくマリクに苦しめられた舞を思う。
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地獄の詩人ヘルポエマー
城之内vsマリクの決闘②。城之内はへルポエマーで毎ターン手札からカードが奪われる。それを逆手にとりクイズでサイコショッカーを召喚、罠カードを破壊する。が、ラヴァ・ゴーレムの鉄檻に閉じ込められて再びピンチになる。
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逆転！稲妻の戦士(ギルフォード・ザ・ライトニング)
城之内vsマリクの決闘③。ラヴァ・ゴーレムに閉じ込められた城之内は毎ターン１０００P削られる。ギルフォード・ザ・ライトニングを召喚して一旦は敵モンスターを一掃するが、遂にマリクはラーの翼神竜を召喚。最終形態＝ゴッドフェニックスが出現する。
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城之内死す
城之内vsマリクの決闘④。城之内はラーのゴッドフェニックスによって精神力が燃えつき、LPを残したまま倒れる。「城之内君まで倒れ、もう戦えない…」と遊戯は思い悩むが、千年タウクを通して見た未来は…。
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天空闘戯場(コロシアム) 遊戯VS海馬
準決勝第２戦は遊戯vs海馬、天空コロシアムでの決闘だ。海馬は早速オベリスクを召喚しようとするが、遊戯の「光の封殺剣」にかわされる。さらに海馬が「天声の服従」で遊戯からオシリスを奪うが、すぐ「エクスチェンジ」で取り戻される。２つの神をめぐる攻防が続く。
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神を喚ぶ三騎士
遊戯ｖｓ海馬②。遊戯は３体のナイト（キング、クィーン、ジャック）を召喚、それを生け贄に先にオシリスを召喚する。すかさず海馬もＸＹＺドラゴンキャノンを３体に分離させて、オベリスクを召喚。神ｖｓ神のにらみ合いに。
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激突！神(オシリス)VS神(オベリスク)
遊戯ｖｓ海馬③。神ｖｓ神の構図のまま、互いに攻撃するチャンスを伺って牽制し合う。オシリスの攻撃力は手札の枚数で決まるが、ついに遊戯は攻撃力6000の瞬間にオベリスクを攻撃する。しかし海馬は「削りゆく命」を発動。4000ｖｓ4000でぶつかることに…
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受け継ぎし宿命の決闘(デュエル)
遊戯ｖｓ海馬④。4000ｖｓ4000で２体の神がぶつかった瞬間、遊戯と海馬は古代エジプトのビジョンを見る。それは「白き龍」を召喚する若き神官と、「黒き魔術師」を呼ぶ名もなき王の決闘であった。…海馬は「神をも超えたしもべ、ブルーアイズ」で攻撃を再開する。
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友との誓い 真紅眼の黒竜(レッドアイズ ブラックドラゴン)
遊戯ｖｓ海馬⑤。海馬は３体のブルーアイズを召喚する。しかし遊戯は城之内から譲り受けたレッドアイズを召喚し、「六芒星の呪い」でブルーアイズ１体を撃破。そのころ意識不明の城之内はデュエル覚えたての頃の夢を見て、ついに意識が戻る。
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憎しみを撃て！ブラックパラディン
遊戯ｖｓ海馬⑥。海馬はアルティメットドラゴンを召喚。怒りや憎しみがパワーの源の海馬に対し、遊戯は「怒りや憎しみでは勝利は得られない」と言って、「融合解除」「魔術の呪文書」の効果と「ブラックパラディン」で勝つ。
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炎の凡骨ロード 城之内VS海馬
海馬は遊戯との決闘に負けて愕然とする。そんな海馬を城之内が引き止めて、がれきの中で決闘開始。海馬のデッキ破壊コンボに、城之内はギャンブルカードで対抗し優位に立つ。一方、杏子の中に宿るマリクの人格が動き出す。
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青眼の白龍VS青眼の白龍
海馬ｖｓ城之内②。城之内は「墓あらし」と「死者蘇生」でブルーアイズを召喚するが、すぐに海馬も召喚し、ブルーアイズｖｓブルーアイズの相打ちとなる。一方、杏子に宿る表マリクは、闇マリクを倒そうとするが失敗する。闇マリクは更に凶暴化する。
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真のデュエリストへの道
海馬ｖｓ城之内③。城之内は善戦するも、圧倒的なレベルの違いで海馬が勝つ。「三千年前、王との友情を記すために石版を残したのは神官セトだった」とイシズは海馬に語る。海馬は遊戯に、ラーに対抗できるあるカードを渡す。
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決勝戦(ファイナル) 遊戯VSマリク
遊戯ｖｓ闇マリクの決闘。はりつけにされた表遊戯と表マリクを賭けた戦い。遊戯は攻撃力6000のオシリスで攻撃するも、マリクは「暗黒の魔再生」と「死者蘇生」で不死の能力を持つラーのゴッドフェニックスを召喚し、2体の神がにらみ合う。
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悪魔の聖域(デビルズサンクチュアリ) 発動！
遊戯ｖｓ闇マリク②。遊戯はドローしたカードを見ずに場に伏せる。それは海馬から受け継いだ「デビルズサンクチュアリ」。メタルデビルトークンが現れてラーの攻撃をかわす。さらに、トークンを生け贄にオベリスクを召喚する。
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不死の壁 ゴッドスライム
遊戯ｖｓ闇マリク③。遊戯は不死のゴッドスライムを前になすすべがない。表マリクの意思は寝たきりのリシドの元を尋ね、感謝の言葉を語る。さらに杏子の体を借りて「僕と共に、僕が生み出した邪悪な心を打ち砕いてくれ」と遊戯に言う。
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オベリスクの怒り ソウルエナジーMAX
遊戯ｖｓ闇マリク④。攻撃力６８９９のラーｖｓ攻撃力∞のオベリスクだが、双方とも攻撃をかわす。そして遊戯のターン、マジシャン２体をそろえ、攻撃すればマリクのＬＰは１になるチャンスを迎える。生け贄となったマリクの主人格を思い攻撃をためらう。そこにリシドが現れる。
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バトルシティ終結！
遊戯VS闇マリク⑤。生け贄の表遊戯、表マリクの姿はもはや顔の一部しかない。リシドは闇マリクに人間の宿命を語る。すると表マリクの一部分が実体化して、遊戯に自分を攻撃する様に言う。遊戯の攻撃でマリクのLPは１になった時、完全に表マリクが肉体に戻ってきた！。するとマリクは…
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アルカトラズ炎上
遊戯はバトルシティの覇者にはなったが、石版に戻って王（ファラオ）の記憶を取り戻せば、もう一人の人格とも別れることになるので、複雑な心境だ。エジプトに帰るマリク達や、アメリカへ向かう海馬や御伽とも別れる。目覚めた舞も、自分の道を探して旅立つ。
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兆(きざし)
少年達のデュエルをきっかけに、杏子の視点から遊戯の成長、仲間の絆の強まりを振返る。杏子は、まもなく来る、もうひとりの遊戯との別離への覚悟をする。
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新たなる闇の鼓動
遊戯が３枚の神のカードを石版に掲げるが、石版は突如、凍結してしまう。世界中の街では、デュエルモンスターズが実体化して暴れ出す。その夜、双六に託した神のカードは、何者かに奪われてしまう。遊戯の前に謎の男が現れて、デュエルをいどむ。その背後には、怪しい３人の男の影が…
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オレイカルコスの結界
遊戯VSグリモ②。グリモと名乗る男は、「オレイカルコスの結界」でモンスタースペースを拡大させて、最大１０体のモンスターの召喚を可能とする。また、選ばれし者しか操ることのできないはずの「神」を召喚し、ダーク・オベリスクを従える。遊戯は新たな「闇」のチカラの前に苦戦する。
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名もなき竜 ティマイオス
ドーマの三銃士は「神のカードを返してほしくば、我々を倒せ」といい残して姿を消す。遊戯は心の迷宮の中から、「助けて」という誰かの声を感じる。それはデュエルモンスターズ世界にいる、ブラックマジシャンズガールの声だった…。そこで不思議なカードを手に入れる。
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ペガサスからの招待状
デュエルモンスターズ界で「ティマイオスの眼」のカードを託された遊戯の元に、「すぐアメリカに来て欲しい」とペガサスが訴えるビデオレターが届く。一行はアメリカに出発する。そのころ、すでにアメリカにいる海馬のもとにも、ペガサスから対決の申入れが入る。
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トゥーンワールドの悪夢
真実を知りたいなら、私に勝つことです…ペガサスは不適に笑う。ペガサスと海馬のデュエルが始まる。ペガサスは前回の決闘と同じく、守備表示の「トゥーンアリゲーター」からスタートする心理作戦に出るが、海馬は動じない。ペガサスはトゥーンワールドを発動させる。
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目覚めよ！クリティウス
アメルダVS海馬②。ペガサスに化けていたのは、海馬コーポレーションに恨みをもち、闇の三銃士の一人でもあるアメルダであった。アメルダは「オレイカルコスの結界」と、炎属性モンスター１体につき攻撃力を５００Ｐアップさせる「バルログ」で海馬を追いつめる。海馬は一瞬、不思議なビジョンを見ると、１枚のカードが手の中に…
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予期せぬ敵
ドーマの手先に襲われた遊戯たちを、バイクに乗り、「ハーピーレディ」のカードを操る女が助け、そのまま走り去る。城之内は、孔雀舞も自分達の同志だと思う。ペガサスの会社に遊戯達が閉じ込められると、再び舞が現れる。舞は「ペガサスはあたしが始末した」と言う。友情を信じていた城之内にショックが走る。
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闇に堕ちた舞
城之内VS舞の決闘。舞はドーマ達に操られているのではなく、自らの意思でオレイカルコスの力を得ていた。結界の中で対峙する二人。舞との友情を信じ、舞を救いたい城之内は、デュエルに集中できない。「ハーピーレディ・ダーク」による舞の容赦ない攻撃が、城之内を襲う。
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よみがえれ！第三の竜
城之内VS舞の決闘②。LPは舞 ４０００ VS 城之内 ２００にまで開く。勝利に執着する舞と、勝敗よりも舞を救いたい城之内で思惑がずれる。城之内はサレンダーしそうになるが、デュエルで舞を救う可能性を信じる。だが強力なハーピーレディ・コンボの前に、運まかせのギャンブルデッキで持ちこたえるのが精一杯だ。
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ヘルモスの奇跡
城之内ＶＳ舞の決闘③。依然、圧倒的に押されている城之内は、手に入れたキーカード「ヘルモスの爪」の使い方が分からない。時の魔術師と融合させて出現させた「タイムマジック」は、頼りない風貌だ。さらにギガサイバーに装着させて攻撃しようとするが、意味不明の数字が現れるだけで、あっさり消えてしまった。みんな愕然とするが…奇跡は次のターンにやって来た！
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ターゲットは名もなき王
遊戯たちはドーマのことを調べるため、ホプキンス教授の元へ向かう。そのころ、ホプキンスは海底遺跡の調査からドーマの手がかりをつかみかけるが、突然、誘拐されてしまう。現場に残された手紙には、遊戯一人でドーマの三銃士・ラフェールの挑戦を受けに来るよう指示があった。
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遊戯VSラフェール 鉄壁のガーディアンデッキ
遊戯ＶＳラフェールの決闘①。ラフェールは海難事故の唯一の生存者であり、運命に弄ばれた者同志として、遊戯に共感を抱いていたというが…。デュエル開始早々にラフェールは永続魔法で自らの手札をゼロにする。遊戯はすかさず攻撃するが、ラフェールのカウンター攻撃を受けてＬＰ３０００に下がる。
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ドーマの真実
遊戯ＶＳラフェールの決闘②。ＬＰはラフェール4000ＶＳ遊戯3000。遊戯は、迫り来るガーディアン・グラール（攻撃力3000）を、クリボー五兄弟の特殊能力でかわす。さらに、ティマイオスとブラマジガールを融合させて反撃する。そして手札交換により「オレイカルコス」のカードを手に入れてしまうと、闇の力を持つこのカードを使ってはいけないと自分に誓うが…。
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遊戯の中の闇 ティマイオス消滅
遊戯VSラフェールの決闘③。追いつめられた遊戯は、ついにオレイカルコスの結界を発動させてしまう。名もなき竜は、その力に反発して封印される。遊戯は次第に勝利への執念から、闇の力のとりこになって、モンスターを犠牲にしたり、邪悪化させて戦う。ついにはLPでラフェールを上回るが…。ラフェールは「エアトス」のカードを静かに待っていたのだった。
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引きさかれた魂
遊戯はデュエルに負けて、「もう一人」の人格を奪われたことに落胆する。一方、羽蛾と竜崎はラフェールの乗ったヘリを追って、デュエルに強くなりたい一心で、仲間にしてくれと懇願する。リスクを超えてドーマの力を手に入れた２人は、遊戯・城之内に狙いを定める。そのころ遊戯達は、失ったもう一人を探すため列車に乗ろうとしていた。
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暴走特急デュエル
もう一人の人格を失って失意の遊戯を、杏子たちが励まそうとしている間に、特急の乗客はいなくなっていた。異変に気付いて、車内を捜査していると、今度は連結が外され、遊戯と城之内は引き離されてしまう。そして、遊戯の前には羽蛾が、城之内の前には竜崎が現れてデュエルを挑む。
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パワーアップデッキ！羽蛾＆竜崎
遊戯VS羽蛾、城之内VS竜崎の決闘②。疾走する無人列車の屋根の上で遊戯と羽蛾が決闘する。羽蛾はパワーアップした昆虫デッキの中から、敵モンスターに寄生してふ化するパラサイトキャタピラーを遊戯のモンスターに寄生させる。そのころ、荒野では城之内と竜崎が決闘している。城之内は、何故みんな力を欲しがるのかと思い悩んで竜崎と闘う意味を見出せなかったが、次第にとにかく俺が目を覚まさせてやると考えてヤル気が出る。
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ティマイオス発動せず
遊戯VS羽蛾、城之内VS竜崎の決闘③。竜崎は一度倒したレッドアイズを冥界の鎖で再び場に連れ戻し、再攻撃を狙う。すかさず城之内は、ネイキッド・ギアフリードを召喚し、ヘルモスの爪を発動させて、強力な剣聖を誕生させる。これで竜崎のタイランドドラゴンを瞬殺し、さらにダイレクトアタックで一発逆転勝利をする。同時刻、遊戯もティマイオスの眼をセットするが、憎しみに支配された今の遊戯のもとで発動しない。羽蛾がからかうと、遊戯の怒りはついにデュエルに現れて…。
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対決！二人の遊戯
遊戯は森で先住民風の老人アイアンハートに出会い、己の心を映すという「石の荒野」に案内される。遊戯が精神集中すると目の前にいろいろな人々のイメージが現れては消えていくが、最後には表遊戯が現れる。表遊戯は、闇遊戯が失いかけているものを見つけさせるために苦悩のデュエルを挑む。表遊戯VS闇遊戯の決闘に…。
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オレイカルコス・ソルジャー
石の荒野にいる遊戯の前に、不気味な兵士「オレイカルコス・ソルジャー」が現れて攻撃を仕掛けてくる。ダーツが、古の兵士の霊を呼び戻して操っていたのだった。遊戯ＶＳオレイカルコス・ソルジャーの決闘。自らのＬＰを犠牲にしつつ、攻撃力を５００ずつ増加させて何度も再生する「オレイカルコス・ギガース」に遊戯は苦しめられる。
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ヴァロン始動！謎のアーマーデッキ
ヴァロンは舞を自分のものにしたい思いから、常に勝つことに飢えている、という二人の共通点を指摘する。それは遊戯や城之内にはないもので、それ故彼らとは分かり合えない。そして舞が望むなら、ダーツでも遊戯にでも、誰にでも勝ってみせると宣言する。そこへ御伽たちが通りかかる。ヴァロンＶＳ御伽＆レベッカの決闘。ヴァロンは結界を使わずに圧倒する。
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復讐のアメルダ 大空中決闘(デュエル)
海馬を載せた専用ジェット機がオーロラを通過する時、スピーカーから謎の声が聞こえる。密かにジェットを支配し、海馬の前に現れたのはアメルダだった。弟の恨みを晴らすために海馬に再戦を要求する。海馬はドーマを制裁するために受けて立つ。海馬ＶＳアメルダの再決闘。オレイカルコスの結界発動により、ジェット機は客室部分の壁が吹っ飛ばされ制御不能に陥る中での決死のデュエル。
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天空の要塞 ジグラート
海馬ＶＳアメルダの再決闘②。制御不能に陥った飛行機でのデュエル。海馬コーポレーションに弟を殺されたと思っているアメルダは、軍隊デッキと戦場の幻影で、海馬に攻め込む。そして「魔空要塞ジグラート」により、トークンを発生させて海馬の攻撃をかわす。死んだ弟を思うアメルダ、モクバを守り続けたい海馬、一方で２人は弟に対する互いの愛情を認め合うようになる…。
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忍びよるダーツの影
海馬コーポレーションはドーマに乗っ取られる。ダーツの呪文により、世界各地でオレイカルコスの結界とオレイカルコスソルジャーが出現する。世界はドーマに掌握されつつある。遊戯と海馬はオレイカルコス・ソルジャーの攻撃をデッキからモンスターを召喚しながらかわす。ついに遺跡のデータを解析して、１万年前の楽園・アトランティスと巨大企業パラディウス社の存在を知る。そして２人の前にダーツが現れる。
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激突！城之内VSヴァロン
城之内ＶＳヴァロンの決闘①。きっかけは舞をめぐる因縁だった。ヴァロンのデッキは、余計な小細工や出し惜しみは一切しない、常に全力で攻撃あるのみのアーマーデッキ。それはプレイヤー自身の体にギアヘッドを装着して攻撃し、守備モンスターも伏せカードもなしにターンエンドするという大胆な戦術だ。城之内は見たことも無い戦術に圧倒され、直撃を受ける。
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フルアーマー・グラビテーション
城之内VSヴァロンの決闘②。ヴァロンのアーマーモンスターの猛攻撃が続く。２５００VS２１００で一旦はリードした城之内に対しても、ヴァロンは強気で、俺の戦いは魂と肉体の全てを賭けた全力勝負のデュエルだ、お前の持つ最大の力でかっかてこい、と言う。城之内はサイコショッカークラスの強力モンスターを召喚するが、ヴァロンはオレイカルコスの結界を発動させて優位に立つ。
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響きあう魂(ソウル)
城之内ＶＳヴァロンの決闘③。城之内は「ヘルモスの爪」をモンスターと融合させて攻撃する。全力でかかってくる城之内を前に「それを倒してこそ最高の勝利だ」と、ヴァロンは喜ぶ。ヘルモスの一撃は、アクティブガードに阻まれて届かないが、アーマーを吹き飛ばすことに成功した。しかしヴァロンは相手モンスターをコピーして反撃、城之内のＬＰが残りわずかに。それでも、あきらめないタフな城之内を見て、ヴァロンは嬉しそうだ…。
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激闘の果てに
城之内ＶＳヴァロンの決闘④。LPは城之内 100 vs ヴァロン 900で、両者ともダメージを受けてボロボロだが、互いを認め合って熱くハイになる。デュエルはわずかな差で城之内が勝ち、ヴァロンは最後に「舞を頼む」と言い残して魂をオレイカルコスに奪われる。抜け殻のヴァロンに駆け寄る舞に対して、城之内は「このデュエルでお前に伝えたいことがある」といってデュエルを挑む。
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苦い勝利
城之内VS舞の決闘②。オレイカルコスの力を得た舞のハーピィコンボは相変わらず手強い。ドーマの闇に染まった舞を立ち直らせたい城之内は、「俺は今でもお前を仲間だと思ってる」と不器用な言葉で必死に思いを伝えながらデュエルをする。城之内のまっすぐな思いは次第に舞の心に届く。やがて舞は城之内を倒すチャンスを迎えるが、攻撃をためらう。
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運命の決闘(デュエル)！遊戯VSラフェール
城之内が魂を奪われたことを知った遊戯は、パラディウス本社に乗り込む。そこには舞も倒されていた。遊戯の前に、ラフェールが現れて、城之内の「ヘルモスの爪」を投げつける。運命によって自分が勝つというラフェールと、仲間を救うためにも運命に抗してみせるという遊戯で因縁のデュエルが再び始まる。前回同様、モンスターを決して墓地へ送らない美学をつらぬくラフェールに、モンスターとの絆を取り戻した遊戯が挑む。
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不死身！ガーディアン・デスサイス
遊戯VSラフェールの決闘②。オレイカルコスの結界を発動させたラフェールは、さらにガーディアン系モンスターを効率的に使いこなして攻撃し、遊戯のLPを５００にまで下げる。ラフェールの命の恩人ともいえるガーディアン・エアトスさえも、結界の力で闇に染まって醜く変形し、遊戯の墓地にいるモンスターを吸収してさらに攻撃力を上げる。しかし、今回の遊戯は自らの信念のもと、心の闇にたよるラフェールの弱さを見抜く。
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心の闇を撃て！
遊戯VSラフェールの決闘③。心を闇に染めて、モンスターをダーク化させるラフェールに対して、遊戯は墓地モンスターを召喚できる黄泉天輪を発動させた。すると突然、眼前の景色はラフェールの少年時代の記憶に変わった。それは悲しみを超えるために、ダーツによって闇に導かれる瞬間だった。その運命を今でも強く信じるラフェールを、遊戯は救いたい。心の闇を象徴するように、ラフェールはデスサイスで攻撃する。
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決戦の地へ！ダーツVS遊戯＆海馬
遊戯が勝ち、敗れたラフェールも心の闇から解放された。ラフェールから受取ったカードをもとに、遊戯たちはダーツを追って、南海の孤島の暗黒神殿に着く。魂の石室には、これまでに魂を奪われた仲間や敵たちの石版が掲げられていた。ついにダーツが現れる。遊戯＆海馬VSダーツの決闘が開始。遊戯・海馬はワンターンで、エース級のモンスターを召喚し、融合させてマスター・オブ・ドラゴンナイト（攻５０００）で攻撃するが、その波動は結界と干渉して…
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アトランティスの悲劇
遊戯＆海馬VSダーツの決闘②。遊戯＆海馬の攻撃とダーツのオレイカルコス・キュトラーが干渉し、３人は異世界へ移る。そこでダーツは自分の起源を語る。ダーツは失われた古代アトランティス王国の王であり、民衆はオレイカルコスのエネルギーによって進化した文明を築いた事、一方その発展により民衆は自然への恩恵を忘れて傲慢になり、モンスター化する異変が起きた事、新たな世界を作るためダーツはオレイカルコスの力でデュエルモンスターズ界を封印した事…。そしてデュエル再開！ライフ回復効果を持つオレイカルコス・デウテロスが現れる。
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囚われのミラーナイト
遊戯＆海馬VSダーツの決闘③。ダーツの場に出現した４体のミラーナイトの中には、もう一人の遊戯、城之内、舞、ペガサスの魂が入っていた。遊戯は攻撃をためらうが、海馬は迷わず攻撃する。しかし、ミラーナイト達は友情の絆で互いをかばい合う。だがそれは、ダーツの布陣を強力に守っていることを意味する。ダーツへのダメージはなく、デウテロスの効果でＬＰは１５０００までに上昇する。ミラーナイトを前に躊躇する遊戯…そこへラフェールが現れる。
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オレイカルコスの三重結界
遊戯＆海馬VSダーツの決闘④。ダーツはオレイカルコス・トリトスで第三の結界を出現させ、ライフ回復に加えて、モンスターへの魔法・トラップを無効にした。遊戯は自分のモンスターを犠牲にして海馬を助けるが、すかさずミラーナイト達に攻撃される。海馬は名もなき竜のカードからミラーフォース・ドラゴンを誕生させ、受けたダメージを全モンスターへ跳ね返す特殊能力で４体のミラーナイトを破壊する。だがダーツは、これまでに吸収したダメージを攻撃力に変えるオレイカルコス・シュノロスを呼び、攻撃力は２００００に達する。そして海馬は…
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よみがえれ！伝説の三騎士
遊戯ＶＳダーツの決闘⑤。ＬＰがゼロになった海馬だけでなく、杏子たちまで魂を奪われ、遊戯だけが残る。「お前の存在が世界を滅ぼす原因」「お前のせいで仲間は消えた」「それが運命」…ダーツの言葉が遊戯を精神的に追いつめる。が、サレンダーしかけた遊戯を救ったのは、仲間の絆だった。遊戯はペガサスから受け取った「名もなきカード」で、名もなき三竜の封印を解き、真の姿である三騎士（攻2800×３）を召喚する。しかしダーツとのLPの差は１万以上、起死回生はなるのか…？
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攻撃力∞(むげんだい)蛇神(じゃしん)ゲー
遊戯VSダーツの決闘⑥。ダーツは破壊されたオレイカルコスの結界から、蛇神ゲー（攻∞）を出現させる。遊戯は、墓地のモンスターの力を吸収できる特殊能力を使って伝説の三騎士で攻めうつ。クリティウスとヘルモスの間で無限ループを作ってゲーの攻撃をかわす。さらに三騎士との絆を象徴するかのように、ティマイオスに２体の力を集約させて、ダーツを打ち破る。すると巨大竜リヴァイアサンが出現し、さらに巨大都市アトランティスも姿を現す。
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神神の戦い
ダーツの化身である巨大竜リヴァイアサンとの戦い。遊戯・海馬・城之内の３人は、浮上した巨大都市アトランティス上にて、全長数キロに及ぶ巨大竜リヴァイアサンを相手に、デッキからモンスターを召喚して戦う。デュエルモンスターズ界からも応援が加わるが、リヴァイアサンは無傷だ。ダーツは、人間の心の闇から形作られたこの竜を倒すことは不可能だと誇る。しかし遊戯は、囚われている舞やラフェールたちに仲間との絆を思い出させる。そして遊戯も仲間の絆に包まれて覚醒し、ついに三幻神獣を召喚する。
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光の中を歩め
遊戯は三幻神獣の力で、巨大竜リヴァイアサンを倒し、囚われた仲間や敵友たちを救い出した。しかし、ダーツはこの地球上すべての心の闇を統括して、最後の大きな攻撃力となって遊戯を飲み込もうとする。遊戯は様々なデュエリストとの出会いを通して知る事が出来た心の光を信じて、自分の心の器のすべてでこの闇を受けとめようと、自ら闇に飲み込まれていく。それは大きな業火となって、世界中各地で起こった異常現象をも吸収していく…。
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KCグランプリ開幕
遊戯たちは日本へ帰る旅費がないことに気付き、旅費の提供を条件に、海馬コーポレーションが主催するデュエル・トーナメント大会に出場することになる。さっそく海馬ランドへ行くと、新アトラクションのデュエルマシーンを見つける。すでにマシーンは子供たちに大人気だ。しかし、ある少年がマシーンとデュエルを始めようとすると、部屋は施錠され、レベル設定は最上級デュエリストレベルに変更されてしまう。怯えた少年に代わって遊戯はマシーンとのデュエルを引き受けるが、受け継いだデッキはドラゴン系モンスターばかりのバランスの悪いデッキだった。
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動きだした陰謀
遊戯VSコンピュータの決闘②。遊戯はバランスの悪いドラゴン系のデッキで、最上級レベルのコンピュータに苦戦する。敵はサイコショッカーなどの上級モンスターや、複雑なコンボや特殊効果を使い、遊戯のLP＝200に下がる。しかし遊戯は少年がドラゴンのカードとデッキに込めた熱い思いを信じ続け、遊戯と少年が一緒にカードを引くと、ついにキーカードを手にする。ドラゴンばかりのデッキ構成を逆手にとり、「凡骨の意地」と「スピリット・ドラゴン」の特殊効果で、逆転に賭ける…
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城之内VSマスク・ザ・ロック
アメリカ海馬ランドのスタジアムで、ＫＣグランプリの開会式が行われる。グランプリの出場者は１６名で、遊戯はディフェンディング・チャンピオンとして、その勝者と対戦する仕組みだ。式後すぐに第一回戦が始まる。城之内は、謎のマスク男と対戦することになったが、会場を間違えたため慌てて指定の場所ジャングルアトラクションの終点に走る。そこで待っていたマスク男は、どうみても城之内の師匠でもある双六爺さんだが、城之内だけは気付いてないようだ。
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幻の古代竜(エンシェント・ドラゴン)
城之内VSマスク男の決闘②。城之内はマスク男に戦略を見透かされていて、劣勢となる。マスク男はフィールド魔法「古の都」を発動し、「古の扉」「古の巨人」「古の書物」をそろえて、黄金の竜「エンシェントドラゴン」を召喚する。それは、マスク男（双六）が長年の月日のすえにようやく手に入れた幻のカードだった。そして彼は、このデュエルを何より楽しんでいた。一方、圧倒された城之内は余裕がなく勝負のみにこだわりはじめていたが、遊戯の声で、楽しむことの大事さに気付く。
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熱闘！レベッカVSヴィヴィアン
各ブロック第２試合が始まる。全米チャンプの少女レベッカは、アジアの覇者で美女デュエリストのヴィヴィアンと対戦する。遊戯に色目を使うヴィヴィアンにレベッカは怒る。ヴィヴィアンはカンフー娘娘などのアジアンデッキで攻撃するが、レベッカは永続トラップ「グラヴィティ・バインド」で、レベル４以上のモンスター召喚を封じる。さらに、自分のＬＰを回復させつつ、敵にダメージを与えるコンボで優勢になる。だがヴィヴィアンは皇帝龍淑女でトラップを破壊し、一気に反撃に出る。 一方、竜崎と羽蛾は招待参加者になりすまし、静かに笑う謎の青年ジークと対戦する。
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城之内VSジーク華麗なる決闘
ＫＣグランプリのベスト８が出そろう。城之内の次の対戦相手は、羽蛾・竜崎コンビを瞬殺した冷徹なジークだ。自信家で城之内を見下すように無視するジークの態度に対戦前から熱くなる。火山のアトラクションで城之内ＶＳジークのデュエルが開始する。モンスターを召喚できない城之内は仕方なくターンエンドするが、ジークもモンスター召喚をしてこない。本当にモンスターカードを持っていないのだろうか？と遊戯は疑う。 一方、各アトラクションでは何者かのシステム介入により異常な演出がされ、騒然とする。
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モンスター抹殺の女神
城之内ＶＳジークの決闘②。ジークは魔法カード「ワルキューレンリット」を発動し、４体の戦乙女を召喚する。ワルキューレに倒されたモンスターはゲームから除外されるだけでなく、その攻撃力で反撃される。城之内は絶体絶命かと思われたが、体力増強剤スーパーＺのおかげでＬＰを８００でくい止める。だがジークはさらに過去・現在・未来を司る女神三姉妹を召喚し、そのコンボで城之内のデッキのモンスターカードを次々にゲームから除外していく。手札にすらモンスターカードを呼べない城之内はピンチに。 一方、海馬はハッキングの犯人としてジークを疑いはじめる。
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天才少女(レベッカ)VS天才少年(レオン)
グランプリ準決勝が行われる。ミニチュアランドを舞台に、レベッカＶＳレオンの決闘が始まる。純情無垢な子供同士のバトルのような雰囲気だ。レベッカは墓地に送られることで効果を発揮するコンボ作戦を考えていたが、レオンの「森のオオカミ」「イバラの呪い」はそれを阻止し、レベッカのライフポイントを奪う。さらに永続魔法「おかしの家」で、相手モンスターの攻撃力を上げるが、２５００に達すると自爆させる危険なものだ。レベッカはレオンの周到さに、外見からは想像がつかない奥深さを感じる。 一方、プラネタリウムではジークＶＳバリーの決闘が行われる。
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おとぎの国のレオン
レベッカＶＳレオンの決闘②。レベッカはレオンのシンデレラコンボによるダイレクトアタックをなんとか阻止するが、グローバーマン（攻2600）の攻撃を受けてＬＰは１００になる。無垢な少年風のレオンが想像以上に強いことを実感する。 一方、行方不明の双六を探していた遊戯たちは、中華料理店で双六を見つけるが、ヴィヴィアンにデュエルを強要される。遊戯ＶＳヴィヴィアンの決闘に。ヴィヴィアンのドラゴンレディーは「風雷剣」を装備して２回の攻撃をし、速攻魔法「残雪剣」は遊戯の魔法カードを破壊する。墓地のドラゴン族モンスターの力によりドラゴンレディーの攻撃力は２６００に上がり、遊戯に王手をかける。
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海馬乱入！グランプリ決勝戦
ＫＣグランプリの決勝はレオンＶＳジークで行われる予定だったが、海馬はジークが海馬コーポレーションに対して嫌がらせをしたことを理由に、ジークを失格とする。そして海馬ＶＳジークの因縁の決闘が始まる。ジークは「ワルキューレンリット」で３体の戦乙女を召喚する。さらに「時の女神の悪戯」で２度バトルフェイズを迎える。海馬のＬＰは一気に２４００に下がる。しかし海馬は２０００のライフコストを払ってＸＹＺドラゴンキャノンを召喚して反撃する。
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戦女神(ワルキューレ)VS青眼の白龍(ブルーアイズ・ホワイトドラゴン)
海馬ＶＳジークの決闘②。海馬はニーベルングの指輪により、場のモンスターの動きを封じられ、デッキのモンスターも墓地送りになり、さらにダイレクトアタックを受ける。運命を司る三姉妹のコンボで、ブルーアイズも墓地に送られる。海馬は応戦するも、ジークの新カードがそれを超える。やがてジークは海馬を恨んでいる理由を語る。しかし海馬は物ともせず、自らブルーアイズを墓地に送る作戦に出る。
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デュエルキング決定戦 遊戯VSレオン
遊戯ＶＳレオンの決闘①。ＫＣグランプリの優勝者レオンと、ディフェンディングチャンピオンの遊戯とのラストデュエルが始まる。遊戯に憧れ、対戦を夢見ていた無邪気なレオンだったが、デュエルが始まると厳しい表情になり、これまでの戦いでは見せなかった新たなカードを使う。とまどう遊戯。さらに会場には再びジークが現れ、驚きの事実が明かされる…
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シュトロームベルクの金の城
遊戯VSレオンの決闘②。レオンは遊戯を尊敬しつつも、実兄のジークのため、シュレイダー家復興のために戦っていた。遊戯はレオンの童話系モンスターを連鎖的に次々と召喚するコンボに押される。そしてジークから手渡されたレアカード「シュトロームベルクの金の城」を発動させて、さらにシンデレラなどを次々と召喚する。だが密かにジークはこのカードに不正な細工をして、なかば無敵カードに改造していた。ジークの目的は･･･？
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KCグランプリ終結
遊戯VSレオンの決闘③。「シュトロームベルクの金の城」に不正な細工したジークは、ウィルスで海馬コーポレーションのシステムを破壊することが狙いだ。無敵の金の城に遊戯は苦戦する。しかも維持コストは遊戯が支払うため、ターン毎にデッキが半減する。遊戯は「ロイヤル・ストレート・スラッシャー」の特殊効果で、レベル１から５までの５枚のカードを捨てて、城を破壊しようとするが失敗に終わる。遊戯に勝ち目はあるのか？海馬コーポレーションは救えるのか？
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究極のゲーム
遊戯は双六から、数十年前にエジプトの王家の谷の王墓で千年パズルを手に入れた時の話を聞く。王墓に入った若き日の双六は、いくつもの危険なトラップをくぐり抜けて奥に進んだが、案内人の裏切りによってピンチに陥った。そこへファラオの幻影が現れ、双六を救った。次に双六が目を覚ますと、手もとには千年パズルがあった。 時は現在に戻り、遊戯はもう一人の遊戯が記憶を探せるように、エジプトに行く決意をする。出発前夜に２人の遊戯は互いの絆を確かめ合う。 だがその夜、３枚の神のカードと千年アイテムは盗まれる。犯人を追った先で意外な人物に出会う…
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動きだした闇のバクラ
遊戯は待ち構えていた闇人格のバクラから、冥界の扉を開けばもう一人の遊戯の魂を返すことができると知る。一方、海馬のもとにもバクラが現れて闇のゲームをしかける。海馬VSバクラの決闘。バクラはディアバウンド系のモンスターの効果を巧みに使って、海馬と互角に戦う。海馬がブルーアイズを召喚すると、ディアバウンドはそれにとりついた。さらに鏡と蘇生のトラップで反撃する。バクラの狙いはゲームに勝つことではなかった…。
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開かれた記憶の扉
もう一人の遊戯はエジプトのピラミッドで石版に３枚の神のカードをかざして、記憶の世界へと旅立つ。意識を取り戻すと古代エジプトの王（ファラオ）になっていた。まわりには海馬や双六に似た６人の神官がいた。神官たちは千年アイテムを使って罪人の心にすむ邪悪な魔物を見通し、抽出して、石版に封じこめるのだった。 またバクラも古代エジプトで盗賊王として意識を取り戻す。
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盗賊王バクラ見参！
遊戯ファラオの前に盗賊バクラが現れて千年アイテムを奪おうとする。神官たちがバクラのディアバウンドを石版に封印しようとするが、強大すぎて失敗する。次に神官たちは古代デュエルディスクを使って、ウェジュの神殿より精霊（カー）を召喚する。しかしバクラも前王のカーを召喚させて反撃する。 一方、残された遊戯たちは、もう一人の遊戯が見つけることができなかった真実の扉を探すために、千年パズルの中の心の迷宮に入る。
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マハードの決意
ファラオＶＳバクラの戦いは、ブルーアイズホワイトドラゴンの攻撃技をコピーしたディアバウンドの反撃により引き分けとなった。バクラはかつて海馬と戦った時に技をコピーしていた。一旦は引き返したバクラがまた王墓を襲う可能性は高い。魔術師で警護隊長の神官マハードは、ファラオに対する忠誠心が特に強く、一人でバクラを倒そうとする。マハードの魔術の弟子である少女マナは心配する。
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死闘！マハードVSバクラ
修練場でマハードとバクラは１対１の決闘をする。マハードの幻想の魔術師と、バクラのディアバウンドがぶつかり合う。マハードはもう１体のカー「シャドウ・グール」を召喚させて援撃するが、逆にディバウンドに壁抜けの能力を盗まれる。マハードは負ける間際に、ファラオへの忠誠心のもと、ある決意をする…。 一方、心の迷宮にいる遊戯は、扉の向こうに巨大な怪物を見る。
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青い瞳のキサラ
心の迷宮にいる遊戯たちは、ファラオの記憶の世界である古代エジプトにたどりつく。この世界では遊戯たちは存在しておらず、他人からは見えず、物にさわることもできない。同じような境遇のボバサに出会う。 一方、神官セトは千年錠で民衆の心を見極めて、強力なカーを秘めている人間を連行する「カー狩り」をする。白い肌の女キサラは特に強力なカーを持っていた。
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千年アイテム誕生の秘密
古代エジプトで、その昔、神官アクナディンはクル・エルナ村の人間を生け贄にして、闇の錬金術により７つの千年アイテムを誕生させた。その時に息子セトとの関係も断ち切った。 そして15年後、村の生き残りである盗賊バクラがアクナディンを襲った。逃げるバクラとディアバウンドを、白馬に乗ったファラオとオシリスの天空竜が追う。ディアバウンドが村を無差別に攻撃してきたため、オシリスは攻撃を受け止める防戦一方になる。
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巻き戻る時間(とき)
疾走しながらファラオＶＳバクラの戦いは続く。デュオスを従えたセト等神官たちがファラオに加勢する。しかしアクナディンの呪いの力で、オシリスは消滅する。ファラオはまたもピンチになるが、遊戯たちの友情の力が奇跡を起こし、覚醒したファラオはラーの翼神竜を召喚する。ゴッドフェニックスでバクラにとどめを刺した、が不可解にも、時間が巻き戻される…？
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生きていたファラオ
アクナディンは地下闘技場でキサラからカーを抽出しようとする。囚人たちのカーがキサラを襲うが、キサラは抵抗しない。セトはキサラに興味を持ち中止しようとする。セトが囚人の怒りを買い、襲われてピンチになると、キサラの体から光が放たれ、青眼の白龍が出現する。傍観していたアクナディンはファラオを倒すことを思い描く。 一方、谷底に落ちたファラオは、父である前王の夢を見る…
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死霊の村
遊戯たちはファラオと再会し、束の間の休息をとる。神官シャダが駆けつけ、ファラオとマナとともにバクラを追ってクル・エルナ村へ行く。かつてアクナディンが千年アイテムを生み出すために生け贄にした呪われた村だ。シャダたちは襲いかかる骸骨兵士と戦う。ファラオは地下神殿でバクラと対面する。千年錘を失ったファラオは、神を召喚できない。ディアバウンドに襲われたファラオを救ったのは…!?
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盗賊王バクラの最期
ファラオはブラックマジシャン、ブラックマジシャンガールと共に、バクラのディアバウンドと戦う。光の護封剣や岩石の巨兵などを使って対抗する。神官団も加勢して、ディバウンドを攻める。しかし、クル・エルナの地下神殿は、先王を憎む死霊たちがうずまいて、バクラに有利だ。セトは千年秤でカーを融合させて、デュオスを強化させるが…。 一方、遊戯たちは、「ファラオの名前を知ること」が重要だとわかる。
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新たなるステージ
地下神殿の戦いでバクラは負け、砂となって消えていく。しかし同時に、時が止まり、ファラオたちは身動きできなくなる。 やがて、もう一人の遊戯は、ジオラマのゲーム盤と、対面して座るバクラの前で目覚める。それは、ファラオとして生きていた３千年前のエジプトが再現された、究極の闇のＲＰＧだった。 ７つの千年アイテムが冥界の石版に納められたいま、ゲームは新たなステージに入った。バクラの手駒のアクナディンは、闇の大神官になる。
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闇の大神官
闇の大神官の攻撃に、ハサンが登場しファラオ達を守る。ハサンは歴代ファラオの化身だ。 セトは自分にも王家の血が流れていることを知る。白き龍の力を得てファラオになるよう、闇の大神官に誘惑され、戸惑う。 一方、遊戯たちは空腹のボバサのために食料を探す。ボバサはお返しに、遊戯たちをファラオの本当の名が隠されている王家の谷に連れて行く。
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邪神復活へのカウントダウン
盗賊王バクラとディアバウンドが復活してファラオ達の前に姿を現す。アクナディンとセトは異空間に消える。ディアバウンドに攻撃され、ファラオ達は散り散りになる。 神官カリムとアイシスは、迫り来るカーを相手に苦しい戦いをする。カリムの魂のバーは極度に減り、アイシスの精霊スピリアは戦闘向きではない。ファラオを思うカリムは最後の力を神官シャダに託す。
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白き龍
セトはアクナディンに、キサラを殺して白き龍の力を得て、王になるよう説かれる。それを拒否したセトを守ってキサラが息絶える。ファラオが駆けつけた時に、セトはアクナディンに心を操られる。ファラオVS正気をなくしたセトの決闘が始まる。白き龍が黒き魔術師を倒し、セトがとどめを刺そうとした時に、キサラの声がセトを正気に呼び覚ました。 一方、現世のゲームマスターの闇遊戯は、自分の名前がゾーク封印の鍵であることに気づく。
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大邪神ゾーク復活
王墓で、遊戯VS獏良が決闘する。遊戯ははじめて闇遊戯のために戦う。遊戯は、イメージしていたけど新しいデッキから、マシュマロン、サイレントソードマンなどを召喚する。だが獏良はデスカリバー・ナイト、死霊ゾーマなどで優位に立つ。遊戯は魔法カード「時の飛躍」で、ダメージをかわし、サイレントソードマンのレベルを上げて反撃する。 一方、クルエルナで大邪神ゾークが復活し、神官団を襲う。
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伝説の守護神エクゾディア復活！
遊戯VS獏良の決闘②。LPは2400対1600で遊戯が優勢。遊戯は、ブロッケンやレンガードなど数値があまり高くないモンスターで戦うが、特殊効果で大きなダメージをかわしている。だが獏良は「呪いの双子人形」で自分の墓地を消滅させ、死んだモンスター達を浮遊霊のように不気味に彷徨わせる。 一方、神官団VSゾークの戦いではシモンがついにエクゾディアを召喚し、激闘が繰り広げられる。
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召喚！三幻神
遊戯VS獏良の決闘③。獏良は永続魔法「死札相殺」で、場と除外されたモンスターの数だけデッキのカードを墓地送りにして、遊戯のデッキを破壊する。ついに遊戯のデッキは残り１枚になる。 一方、街ではマナから受け取った千年パズルを携えて、ファラオがゾークと対面する。ファラオは三幻神を召喚させる。神の攻撃にゾークは倒されたかにみえたが…。
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ゾークVS青眼の究極竜(ブルーアイズ・アルティメットドラゴン)
遊戯VS獏良の決闘④。遊戯はラストドローで「破壊竜ガンドラ」を召喚する。ガンドラはすべてのモンスターを破壊するという強力な特殊魔法を持つ。優しい遊戯がこれほどに凶暴なカードを選んだことは何を暗示するのか…!?。 一方、ゾークの前にファラオの神もなすすべがない。神官セトは白き龍を召喚して応戦するが、ゾークに敗れる。そこに現れたのは、海馬と青眼の究極龍だった…。
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王(ファラオ)の名のもとに!!
ファラオは記憶のエジプト世界でゾークと戦う。遊戯や城之内たちが駆けつけ、ブラックマジシャンなどのモンスターを召喚してファラオを助ける。遊戯たちはファラオに真実の名を伝えようとするが、古代文字が読めない。杏子はファラオに渡したカルトューシュを思い出して…。 ・・・真実の名を知ったファラオは三幻神を喚んでついにゾークを倒す。ファラオはセトに王位を譲って、遊戯たちと別の世界へと旅立つ。
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最後の試練
アテム（ファラオ）と遊戯達は現実世界のエジプトに着く。アテムは、積年の邪念が宿った７つの千年アイテムを、自らと共に封印しようと考える。そのためには誰かがアテムにデュエルで勝たなければならない。城之内と海馬が名乗りを上げるが、「もう一人のボクに伝えたいことがある」遊戯が戦うことになる。戦いを明日にひかえて、遊戯とアテムはそれぞれの思いを胸にベストのデッキを組む。
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運命のラストデュエル
冥界の神殿で、アテムは７つの千年アイテムを石版に納める。すると、アテムと遊戯の２人が分離して現れる。遊戯VSアテムの、それぞれの運命を決めるデュエルが始まる。アテムはいきなり「ザ・トリッキー」（攻2000）を召喚するが、遊戯は「光の護封剣」でかわし、「グリーン・ガジェット」（攻1400）を喚ぶ。序盤から手加減なしの決闘だ。遊戯は守りの要の「機動砦」を、ガジェット３体とのコンボで攻撃力3000のモンスターとして機動させる。だがアテムもトークン３つを生け贄に、ついに神を召喚する･･･。
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三幻神を倒せ！
遊戯ＶＳアテムの決闘②。アテムは３幻神獣を場にそろえる。その攻撃力の合計は一万を超える。圧倒される遊戯は神を超えるモンスターを召喚できるのか？・・・だが遊戯はオシリスの召雷弾を速攻魔法「ミラージュ・マジック」でかわし、さらに自分のライフも回復させる。またオベリスクの攻撃も罠「ミラージュ・ルーラー」でかわす。それは神の特殊能力を逆手にとったうまい戦法だ。そしてついに、神をおびやかすしたたかな反撃の一手に出る。
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強き心 優しき心
遊戯ＶＳアテムの決闘③。遊戯の罠「マグネット・フォース」の反撃により、３幻神獣は消える。強い力を持つ者の最大の弱点は、その力そのものだと遊戯は言う。神が消え、キマイラ、バスターブレイダー、ギルファーデーモン、ガイア、デーモンの召喚、ビッグシールドガードナーらの中級モンスターを使った素早い互いの応酬になる。これらは常に遊戯のデュエルを支え、共に戦ってきたモンスターたちだ。２人は互いにライフを削りながら、勝機をうかがう。先に優位に立つ者は!?。
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遊戯VSアテムの決闘④。遊戯はアテムのブラックマジシャンの攻撃をかわすのに精一杯だ。遊戯は「封印の黄金櫃」に１枚のカードを忍ばせる。それは同じカードを無効にするものだ。遊戯はサイレントマジシャンで、ブラックマジシャンをついに破る。アテムは「死者蘇生」でオシリスを復活させようとする。そのとき遊戯は黄金櫃の封印をといて「死者蘇生」を無効化させた。それは死者の魂は、現世に留まっていてはいけない、というアテムへの別れのメッセージでもあった。
スタッフ
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アニメーション制作
スタジオぎゃろっぷ -
キャラクターデザイン
姫野美智 荒木伸吾 -
シリーズ構成
武上純希
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モンスターデザイン
加々美高浩 -
原作
スタジオ・ダイス 高橋和希 -
掲載誌
週刊少年ジャンプ -
監督
杉島邦久 -
脚本
前川淳 吉田伸 武上純希 -
録音監督
三ツ矢雄二 -
音響監督
平光琢也
キャスト
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アーサー・ホプキンス
小高三良 -
レベッカ・ホプキンス
たがみかおり -
城之内克也
高橋広樹
-
川井城之内静香
鮭延未可 -
御伽龍児
内藤玲 -
本田ヒロト
菊池英博 -
武藤双六
宮澤正 -
武藤遊戯闇遊戯
風間俊介 -
真崎杏子
斉藤真紀
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