1999年、突如、地球に巨大な宇宙戦艦が落下してきた。人類は地球外の宇宙空間で戦闘があることを知り、落下した戦艦から高度なテクノロジーを吸収した。一方、数年におよぶ地上での統合戦争を経て、地球統合政府を樹立。戦艦は地球統合軍のものとして修復された。そして2009年。｢SDF―1マクロス｣と命名された戦艦は進宙式の日、人類の意に反して主砲を発射してしまう。直後、地球外の巨大異星人ゼントラーディは、その圧倒的な戦力をもって地球への攻撃を開始した。 それは｢マクロス｣にプログラムされていた、巧みなブービートラップだった。マクロスは、発進と同時に実戦を開始するはめになってしまう。進宙式を見にきていた民間人パイロットの一条輝は偶然、可変戦闘機バルキリーに乗ってしまい、否応なく戦場に駆り出される。戦闘の最中、輝は軍の管制オペレーター早瀬未沙や、中華料理店の娘、リン・ミンメイと出会う。圧倒的な戦闘力をほこるゼントラーディ軍からの攻撃を逃れるため、宇宙空間へフォールドを決行する。だが、まだ試験段階に近いマクロスの機能は、フォールドの失敗という形で表れてくる。発進の際に収容した5万6千の一般市民を抱え込んだまま、マクロスは太陽系の外周部へと…。しかも、強大なゼントラーディ軍の魔の手はマクロスにものびてきた。かくして地球の安否も知れぬままに、マクロスの長く苦しい地球への帰還の旅は開始された。