シルヴァラントとテセアラ―――2つの世界の法則とはどちらかが栄える一方、もう片方が荒むというものだった。まるで天秤のように、衰退と繁栄の均衡が保たれた世界。そして、神子による世界再生の旅が成就することで、その傾きは逆転する。テセアラからの暗殺者・しいなに導かれ、コレットの天使疾患の治療法を求めて彼の地へと降り立ったロイドたち。世界を旅することを許された一行だったが、監視役として、テセアラの神子が同行することとなる。テセアラの神子・ゼロスとの出会いは、新たな運命の歯車を廻しはじめる―――

鉱山でロイドたちを待ち受けたのは、クルシスの最高指導者・ユグドラシルだった。女神・マーテル復活の礎として、コレットを手中に収めようとするユグドラシル。その絶対的な力の前に、ロイドたちは為す術なく一蹴されてしまう。一方、ゼロスと再び相対する囚人服の男・リーガル。彼の犯した罪とは何なのか、そして、ゼロスを付け狙う目的とは…。プレセアの心がエクスフィアから開放された時、リーガルの背負う罪の真相が明らかにされてゆく――

コレット捜索の協力を得るため故郷のミズホへ戻ったしいな。しかし、彼女を待っていたのはレネゲードのリーダー・ユアンだった。ユアンによるとコレットは“飛竜の巣”に捕らわれているという。神子の完全天使化を阻止しようとするレネゲードは、“飛竜の巣”への突入を試みようとしていた。そのために必要な、雷の神殿に眠る精霊・ヴォルトとの契約をしいなに依頼するのだが…。かつてしいなはヴォルトとの契約に失敗し、その際に多くの仲間が犠牲になっていたのだった―――

コレット救出のため、ユアンらレネゲードと共に“飛竜の巣”へ突入したロイドたち。そこでロイドはかつての仲間・クラトスと対峙する。自分たちを裏切ったクラトスに怒りの眼差しを向け、剣を構えるロイド。そのとき、ユアンの刃が捉えたのは、なんとロイドだった。｢息子の命が惜しいと思うなら我々に従え｣ユアンの冷たい視線は、クラトスを見据えていた……。