呪いの絆

カインが起動させたヴァルヴレイヴIIは、ハルトたちを圧倒する。その戦いの最中、ピノとプルーの接触により、突如お互いの機体が暴走し、カインは撤退。窮地を凌いだものの、目の前で起きた事象に困惑するハルトは、ヴァルヴレイヴへの不信感を募らせる。そして2ヵ月。中立地帯の月に身を寄せたハルトたちだったが、子供だけで国を統べる困難さを実感していた。状況を打開するため、エルエルフは地球降下作戦を立案する。

大気圏の兄妹

地球が間近に迫る中、引きこもりだったアキラだけは、まだ周りと馴染めずにいた。サトミは過去の贖罪として、妹のアキラに過保護に接するが、それすら彼女の気に障ることだった。作戦は順調に進むと思われたが、地球への降下直前、サトミのミスからドルシア艦隊を招いてしまう。大気圏内での戦闘で、熱量限界を超えたアキラのヴァルヴレイヴVIが機能を停止。引力に捕われ、落下していく機体を、サトミは愕然と見つめる。

カルルスタインへの帰還

予定の着陸地点を外れ、地球に降り立ったハルトたち。だがそこはドルシア領内――かつてエルエルフが育成されたカルルスタインの村近くだった。引き続き作戦を遂行するため、エルエルフはドルシア軍が駐屯する村へ、工作員を潜入させることを目論む。一方、マリエは、大怪我したはずのハルトが、いつの間にか治っていることに疑念を抱く。真偽を確かめようとしていたマリエに、ピノから思いもよらない言葉が投げかけられるのだった。

マリエ解放

秘密を知ったマリエを、口封じにと射殺したエルエルフ。怒るハルトの前で、絶命したはずのマリエがゆっくりと起き上がる。マリエも自分と同じカミツキだったと驚愕するハルト。しかし話をする間もなく、ドルシア軍の攻撃が3人のいる洞窟を崩落させてしまう。身を守るためにと逃げ込んだコクピットの中で、マリエはピノから5年前のことを語られる。それは自分が失っていた、ヴァルヴレイヴIのテストパイロットとしての記憶だった。

情報原子（ルーン）の深淵

ヴァルヴレイヴに記憶も命も吸いつくされ、マリエは息絶える。その死を目の当たりにし、恐怖するハルト。しかしエルエルフは、ドルシア反政府組織である旧王党派の結託を図り、気落ちするハルトを連れ立って次なる作戦に向かった。同じ頃、カインに疑念を抱くハーノインは、素性調査のため奇妙な館に潜入する。その館へと密かに入っていく謎の船。それこそが、ハルトたちが王党派からの依頼で追跡していた輸送艦・ファントムだった。

父の願い

ファントムは人間から情報原子(ルーン)を吸い上げる悪魔の船だった。その一隻が月に向かっていることを知り、不安を募らせるハルトたち。エルエルフは帰還用のシャトル調達と、捕らわれたジオール人の救出作戦を同時に展開させる。街への潜入を果たしたエルエルフは、近くにリーゼロッテがいることを察知。単身、彼女の元に向かう。一方ハルトは、捕らわれたジオール人の中に、父の姿を見つけるのだった。

悲しみは降る雪のごとく

幽閉されていたリーゼロッテを救い出し、一緒に逃げだそうとしたエルエルフ。しかしその前にクーフィアが立ち塞がる。ハルトにリーゼロッテを託し、敵のかく乱に尽力するエルエルフだったが、手の内は全てカインに読まれてしまっていた。リーゼロッテをヴァルヴレイヴのコクピットへいざなったハルトは、彼女もまた、マギウスであったことを告げられる。そしてさらに語られるマギウスの歴史に、ハルトは衝撃を受ける。

曝かれたカミツキ

月に戻り、久しぶりの再会を喜ぶ一同。だが地球に降りたことで失ったものも多く、ハルトがショーコへ向ける表情は暗い。エルエルフはリーゼロッテの死を受け入れられず、一人抜け殻のようになっていた。それとは逆に、新生ジオールは好意的な取材報道により、世論の追い風を受けつつあった。ショーコらを支持する気運も高まり、ドルシアに対抗するためのサミットがモジュール77で催される。しかしそれは、破滅への一歩に過ぎなかった。

嘘の代償

ドルシア総統によって、カミツキの秘密が暴かれた。さらに、101人評議会の情報操作により、ファントムによる殺人もハルトたちのせいにされ、世界は一気に彼らの敵に回る。危険生物の駆除という名目の下、次々と殺されていく生徒たち。やむを得ず逃げ出したハルトたちだったが、モジュール77は既に大艦隊に取り囲まれていた。そんな窮地に陥る中、一部の生徒たちがハルトを拘束する。ハルトを差し出すことで、自分たちだけ助かろうというのだが…。

月面の拳

疑念を抱えたショーコの心に、ハルトの声は届かなかった。追放されるように宇宙へ投げ出されたハルトとエルエルフ。犬塚の命懸けのサポートで、辛うじてハルトたちの入ったカプセルは月面に着陸した。しかし、生きる意味を失ったエルエルフは、生き足掻こうとするハルトをあざ笑い、残酷な真実を告げる。一面何もない月の大地で、感情をぶつけ合う2人。それでも生きたいと叫ぶハルトの拳は、希望の光を掴む。

モジュール77奪還作戦

助けに駆けつけたサキのお陰で、ハルトたちはモジュール77の仲間たちと合流を果たす。しかし、ショーコたちとの間に生じた溝は埋まらないままだった。それでもハルトは、カミツキと人間が暮らせる世界を作るため、モジュール77の奪還作戦を提案する。ARUS・ドルシア連合軍の大軍勢に対し、決死の覚悟で出撃するハルトたち。一方、いち早く敵艦内に潜入していたエルエルフは、銃を構えたアードライと対峙していた。

未来への革命

エルエルフの手によって、ドルシア総統が不死のマギウスだったことが明かされる。だが101人評議会は瞬時に情報を統制、ハルトたちは敵の強大さを痛感する。残る希望はヴァルヴレイヴのみ。しかしハルトは、ヴァルヴレイヴIIを基軸としたカインの新型機に、圧倒的な力でねじ伏せられる。孤立無援、絶対絶命の危機の中、エルエルフはハルトに、最後の賭けともいえる作戦を伝えるのだった…。

呪いの絆

大気圏の兄妹

カルルスタインへの帰還

マリエ解放

情報原子(RUNE)の深淵

父の願い

悲しみは降る雪のごとく

曝かれたカミツキ

嘘の代償

月面の拳(こぶし)

モジュール77奪還作戦

未来への革命