人間と妖怪の友好盆踊り大会の準備に追われる鬼太郎たち。その招待状を持って那須高原〝殺生石〟遺跡にやって来たネコ娘は、そこで村人らに反物を売る人間の姿をした妙な妖怪と出会う。不審を抱いたネコ娘が尾行すると人間の姿をした妖怪が、中国妖怪のボス・チーであることを知る。また、チーが部下を従え、日本征服を企んでいることを知る。そして、ぬりかべ、砂かけ婆ら日本の妖怪たちがすでに捕まってしまっていることも知る。ネコ娘の報告を受けた鬼太郎らは、ぬりかべらを救い出すため、妖怪城へと乗り込む。早速、チーらの手荒な出迎えを受ける。応戦する鬼太郎であったが、チーの妖気を受けて金縛りにあい、丸薬を飲まされた鬼太郎は、ぬりかべ同様、体が溶けてまだら模様の１枚の布にされてしまう。鬼太郎を失い、なすすべもなくなった日本妖怪軍団。そんな失意の中、再度中国妖怪軍団に戦いを挑む。そして、その戦いの隙に、目玉親父らは妖怪城へと潜り込み、反物となった鬼太郎を救い出すのだった。さらに、中国の妖怪に詳しい井戸仙人を探し出し、鬼太郎を元の姿に戻してもらう。また、井戸仙人の話から、チーは日本で殺された姉の復讐のためにやってきたことを知るのだった。鬼太郎は、再び妖怪城への総攻撃を仕掛ける。一方、鬼太郎に逃げられたことを知ったチーは、日本妖怪を叩きのめすべく妖神（竜）の術を使うのだった。巨大な妖神が現れ、鬼太郎軍団に危機が迫る。果たして、鬼太郎はこの危機を切り抜けることができるのであろうか…。