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西暦2025年――突如出現した未知の脅威「機巧」は人類への攻撃を展開し、多くの都市がなすすべもなく破壊された。窮地に立たされた人類だったが、日本で機巧の残骸が発見されたことをきっかけに設立された「東京機巧研究所」(東機研)を拠点に、機巧の兵器利用の研究が進められていく。毒をもって毒を制すべく、機巧をもって機巧に対抗せんとするその方策は、人類に残された唯一の希望だった。そして9年後。発見された残骸を手がかりに開発された主力機巧「むっつ」の実戦投入が近づいていた。「むっつ」搭乗パイロットの候補生として選ばれた少年・佐神凛(さがみ・りん)と少女・御堂結絃(みどう・ゆづる)は、人類の未来という大きすぎる希望を背負いながら、課せられた任務に果敢に立ち向かっていく。だが、ふたりを待ち受けていたのは、あまりにも過酷な運命だった――。
時にA.D.2031年。繁栄を続ける人類の前に、「ハーディアン」と呼ばれる未知の変異生物が確認された。それから20年。人類は、その言いし得ぬ脅威に対し結成された、国際防衛組織「N.I.D.F.」(Neo International Defence Force)の総司令、燻 京香を中心に持てる科学力を結集させ、戦闘機NES-1ヴァイパー&NES-2ドルフィンなどの開発をはじめ、人類の英知を結集させた数々の兵器を拡充し、来るべき“その時”に備えていた。 NES機パイロット候補生の哀羽シュウ達は、日々その目撃数が増す変異種の調査、そしてその出現に何らかの関係を持つという遺物「死者の書」の調査を進めていた。そして、科学主任・流姫那由乃の手によって死者の書は発見される。由乃が死者の書を持ち帰還する途中、ついにハーディアンが世界中に出現。東京を始めとした全世界の都市では人類による迎撃が為されていたが、ハーディアンの圧倒的な攻撃力を前に全く歯が立たない状態にあった。そんな中、由乃は自分を救うために傷付いた哀羽に伝承の遺物「死者の書」の力を与えてしまい、伝承者・哀羽シュウが誕生する。しかし人類を裏切った総司令の京香によって、科学主任の由乃は行方不明となってしまうのであった。 こうして由乃を探すため、かつての仲間達と関わりながら哀羽シュウの長く辛い戦いの旅が始まった。
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