「トーキョーエクスプロージョン」の後、”組織”に追われる身となった黒は、銀を伴い逃避行を続けていた。刺客を退け、束の間の穏やかな時間を過ごす二人。だがその幸せは、忍び寄る闇に侵されていく。現れた一人の女。銀に浮かぶ異変の兆候。新たな敵の影を前に、黒は・・・。

海を渡り黒と銀がやってきたのは、香港・九龍城。逃亡を続けるため、便利屋の陳に接触し偽装パスポートを手配しようとする黒に対し、迫り来る敵を迎え撃つべきだと主張する銀。別人のような銀の様子に戸惑いながらも、黒は銀の作戦に従う。陳を通じ、とある噂を街に流すと･･･。

意識を取り戻した黒は、契約者組織・ＥＰＲの残党が暮らす施設にいた。黒を救ったＥＰＲの契約者・雨霧は、銀が狙われている理由を語る。銀の身に起きている変化とは。黒たちを追い施設にやっていたクロードは、自らの思惑の実現に、雨霧の協力を得ようとする。そして、ある雨の日…。

銀を連れ去ったクロードは、世界中に取引を持ちかけていた。強大な力を持つとされる銀を手に入れるべく次々と現れる各国の情報機関。黒は野良犬と共に銀を奪還すべく乗り込んでいくが、それを察知したクロードの術中に嵌ってしまう。その時、覚醒が迫る銀の身に変化が起き…。