マサラタウンに住む少年サトシは、ポケモントレーナーになる資格を得ることができる、10歳の誕生日の朝を迎えていた。 まだ見ぬポケモン、まだ見ぬ世界への憧れを胸に、オーキド研究所で仲間となるポケモンをもらうはずが、大寝坊をしてしまったサトシに残されていたのは、人間に懐こうとしない、残りのポケモンのピカチュウだった。 「キミはオレが嫌い？オレはキミが好きだよ！」ぶつかり合いながらも、少しずつ友情を深めていくふたりだったが、旅立ちの日に空を飛んでいた伝説のポケモン・ホウオウを見上げ、虹色の羽を手にサトシとピカチュウは誓ったのだった。 「いつか一緒に、あいつに会いに行こうぜ！」 こうして世界一のポケモンマスターになるため、旅を始めたサトシとピカチュウは、途中でトレーナーのマコトとソウジに出会い、ホウオウに関する言い伝えを聞かされる。 「虹色の羽根に導かれ、ホウオウに会う者、虹の勇者とならん。」いつの間にかサトシの影に潜んでいた、謎のポケモン・マーシャドーに導かれるようにして、ホウオウが住むテンセイ山を目指すサトシたちだったが、そこに強敵が現れる。 ふたりはホウオウにたどり着くことができるのか!? 旅立ちの日に誓った約束を果たすため、今、ふたりが本当のパートナーになるまでの冒険が始まる！