ダークを壊滅した後、光明寺一家と別れてさまようジローは謎の組織に追われるリエ子とアキラと出会う。二人を狙う奇妙なロボット軍団との戦いの中、ジローにプログラムされた不思議な“記憶”が目を覚ます。それは兄であるキカイダー01との出会いへ導く光明寺博士の意志…！

“最終兵器”の鍵を握る少年アキラをを狙い、襲いくる謎の刺客たち。ハープの音色で機械を狂わせるビジンダー＝ミエ子！ ギルハカイダーとして蘇ったプロフェッサー・ギルはハカイダー四人衆と共にガッタイダーに変型し脅威のパワーを発揮する！ ジローとイチローはアキラを守りきれるのか…？

最終兵器始動の鍵となるアキラを奪うため、シャドウのロボット軍団がジローたちに襲いかかる。そこに現れたのは、風天和尚と新たな人造人間、零＝キカイダー00。シャドウから身を隠し、山奥のダムに向かうジローたち。しかし、そこにはギルハカイダーの罠が待ち受けていた。ギルにより明かされるリエ子の秘密とは…。

最終兵器アーマゲドンゴッドの鍵となる存在、アキラを手に入れてしまったギルハカイダー。ダーク復活を高らかに謳い上げると共に、アーマゲドンゴッドが起動する。対するは光明寺博士の創造した兄弟たち。ジロー、イチロー、零、そして新たに合流したミエ子。この世界を、そしてアキラを彼らは守ることが出来るのか…？