近未来、大都市の一角に佇む忍者屋敷。忍者一族である石動家の長女・律花は、当主の祖父・兵衛、アニマルドローンの研究者である父・アレンと暮らしていた。16歳の誕生日。律花が久々に帰省すると、屋敷は何者かの襲撃を受けていた。瀕死の重傷を負いながら敵に立ち向かう兵衛。そしてアレンは、命をかけてアニマルドローンの未来を律花に託すのだった。

屋敷が襲撃されてから数ヵ月後。古いアパートが密集している街の中心からは外れた地域。律花は「リリィ」と名を変え、同居人の少女メリッサと暮らしていた。リリィは探偵の助手をしながら、３体のアニマルドローンとともに父と祖父の仇を探していた。ある日、街の中心企業グラズヘイムの施設を監視中。リリィはミアという名の少女と出会う。

グラズヘイムの試作兵器がリリィたちの住むアパートを襲撃。リリィは街の人を巻き込まないよう忍者屋敷に誘導し、これを向い撃つ。ミアの協力もあり試作兵器を撃退するが、リリィたちは新たな敵に襲われる。敵の圧倒的な力に傷つくリリィ、ミアそしてアニマルドローンたち。絶体絶命のとき、父と祖父が16歳の誕生日に用意していた忍者装束がリリィの前に現れる。