マスター・チェンからの招待状

モローとの戦いに勝利し、ニンジャたちはニンジャゴーシティで今、最も人気を集めるアイドルグループとなっていた。しかしそんな平和な日々が、クラウズの突然の出現によって崩れ始める。願いのポットから、3つの願いを叶えることができる魔神ナダカーンを呼び出したクラウズ。しかし、その3つの願いを利用したナダカーンに、願いのポットに閉じ込められてしまう・・・。ときを同じくして、ニンジャの姿で街中を暴れまわるものが現れ、ニンジャたちは警察に追われることになってしまう。一方、クラウズがポットに吸い込まれたことを知らないウー先生は、クラウズの目的を探っていた。その背中に、魔神ナダカーンの影が迫っていた・・・。

開幕！エレメント・トーナメント

街のアイドルから一転、警察に追われる身となったニンジャたち。警察はニンジャを捕まえるためにローニンを雇う。一方、突然姿を消したウー先生が、姿を消す直前『願いのポット』について調べていたことを知り、ロイドとゼンはドムーの博物館へ。しかしそこで2人はローニンに捕まってしまう・・・。ニンジャたちは次々とローニンに捕まり、とうとう全員がクリプタリアム刑務所へと送られてしまった。そのころ、魔神ナダカーンはパラレルクリスタルを手に入れ、かつての仲間を再び集めようとしていた・・・。

コール対ジェイ

クリプタリアム刑務所に入れられたニンジャたちは、そこでバウンティ号の最初の持ち主、ソト船長に遭遇する。ソト船長はニンジャたちに、ティガートゲグモの毒がナダカーンを倒す重要アイテムであることを教え、それ以上のことが知りたければ自分を脱獄させろと迫る。一方、パラレルクリスタルを奪ったナダカーンはかつての仲間を集め、故郷であるゴーライ王国を訪れていた。そこで父である魔神王から、ニンジャたちの戦いの影響により、ゴーライ王国が崩壊する運命にあることを告げられる。魔神王から封印の剣を託されたナダカーンはニンジャたちへの復讐を誓う。その頃、ニンジャたちはソト船長とともにクリプタリアム刑務所からの脱獄に成功。ティガートゲグモの毒のありかは、ナダカーンの船にあるランプに隠されていると、ソト船長はニンジャたちに告げるのだった。

仕組まれたレース

ナダカーンの船にあるという、ティガートゲグモの毒のありかを示すランプ。それを手に入れるため、ニンジャたちは空賊母艦ミスフォーチュン号を探していた。しかし、ジェイが一人になったところを狙い、ナダカーンが姿を現す。ナダカーンの誘惑に負けたジェイは、｢ニャーのためにお金持ちになりたい｣と願ってしまう。すると、ジェイの本当のお父さんがフリッツ・ドネガンであり、彼の死により莫大な財産を得たという連絡が届く。さらにジェイはナダカーンの口車に乗り、二つ目の願い事もしてしまう。その後、ナダカーンたちは空賊母艦ミスフォーチュン号でニンジャゴーシティを襲撃。ニンジャたちは街の人々を助けるために駆けつけ、ナダカーンの船からランプを奪おうとする。なんとかランプは手に入れたものの、ナダカーンに捕まったカイは封印の剣に吸い込まれてしまうのだった・・・。

スパイを捜せ！

カイを失いながらもティガートゲグモが住む島の地図を手に入れたニンジャたちは早速、島を目指す。しかし激しい嵐に襲われ船は大破。ロイド・ジェイ・コール・ニャーは浜辺に打ち上げられたものの、ゼンの姿が見えない。実は、ゼンは一人きりになった時にナダカーンに襲われ封印の剣に吸い込まれてしまっていたのだ。そこで、既にナダカーンに二つも願い事をしてしまっていたことがバレてしまったジェイは、罰としてティガートゲグモの毒を取りに行くことに・・・。一方、ゴーライ王国を復活させるため、ニンジャゴーの世界から地面を奪って上空に集めていたナダカーンだったが、ニンジャたちがティガートゲグモの毒を手に入れようとしていると知り、阻止すべく島へ向かう。なんとかティガートゲグモの毒を手に入れたジェイだったが、そこにナダカーンが現れ、連れ去られてしまう。しかし連れ去られる直前、ジェイはティガートゲグモの毒をニャーに託していた。望みがつながったニンジャたちは、ジェイを救うため、ナダカーンを倒すため、空賊母艦ミスフォーチュン号を目指すのだった。

戦いの歴史

ナダカーンに連れ去られたジェイは、船で下っ端として働かされていた。3つ目の願いを言わせようとするナダカーンに抵抗するジェイは、助けを求め、仲間へのメッセージを瓶に入れて海に落とす。その日の夜、夕食を共にしたジェイに、ナダカーンが自分の真の目的が、ニャーと結婚して魔神王となり、無限の願いを叶える力を手に入れることだと告げる。そのことをナダカーンの右腕であるフリントロックに告げ、船員に反乱を起こすよう説得するジェイだが、そう上手くはいかない・・・。その頃、ティガートゲグモが住む島に取り残された、ニャー、コール、ロイドの三人は、島から脱出しようとイカダで海に出るが、イカダが壊れてしまう！絶体絶命と思われたその時、3人はローニンに救出される。ローニンはジェイが落とした瓶のメッセージも受け取っていた。犯罪者との疑いも晴れ、警察の全面協力を得たニンジャたちは、ジェイ救出に向かうのだった。

マスター・チェンの野望

ローニンにより島から助け出され、ジェイからのメッセージを読んだロイド、コール、ニャーの3人に、ダレスがジェイ救出の計画を提案する。それはニセのツェッペリン飛行船を作り、空賊母艦ミスフォーチュン号に潜入するという危険なものだった！計画通り、3人は空賊母艦ミスフォーチュン号に潜入。なんとかジェイとの再会を果たすものの、天空の海賊たちに見つかってしまう。 ピンチに陥ったニンジャたちはナダカーンに願いを叶えさせることで危機を切り抜けようとするが、その場の思い付きで口にしてしまった願い事により、不測の事態が次々と発生！結局、ジェイの最後の願いのみを残してすべての願いを使い切ってしまったうえ、ロイドとコールは封印の剣に吸い込まれてしまう。何とか逃げ延びたのはジェイとニャーのみ。ニンジャゴーの世界の未来は2人に託された・・・。

団結 エレメント・マスター！

ついにジェイとニャー以外のニンジャたちは、封印の剣にとらわれてしまった・・・。残されたジェイとニャーは、かつてゼンが語って聞かせてくれた場所、岸壁のライトタワーに隠れる。しかし、無限の力を求めニャーと結婚式をあげようとするナダカーンは、クランチーに無理やり願いを言わせることで、二人の居場所を突き止めてしまう。ライトタワーにおそいくる空賊たちに追い詰められる、ジェイとニャー。ジェイは、空間を移動することができる｢空間の茶｣でニャーを逃がそうとするが、ナダカーンへの願い事が1つだけ残っているジェイこそナダカーンを倒すために必要な存在であると考えたニャーは、自らジェイを逃がし、ナダカーンに捕らえられるのだった・・・。

ニンジャゴーシティ 危機、迫る！

空賊たちからニャーによって逃がされたジェイは、気が付くと両親が営むリサイクル・ショップにいた。途方に暮れるジェイだったが、両親の励ましによって元気を取り戻すと、これまでに出会った仲間たち、ダレス、ソト船長、スカイラー、ゼン2号、警察署長、ローニンを集め即席ニンジャチームを結成。そしてチームで、ゴーライ王国に乗り込む。ニャーとの再会を果たしたジェイは、ニャーの助けで封印の剣を手に入れる。ジェイはソト船長から封印の剣の中に入る方法を聞き、閉じ込められているニンジャたちを救い出すために、剣の中へ。そしてついに仲間たち全員が救い出され、ニンジャと即席ニンジャチームが勢ぞろいした！残るはニャーのみ。一同はニャーを救いだし、ニンジャゴーの世界を守るため、最後の戦いに挑む！

別れ

ようやく全員そろったニンジャたち。ニャーを助け出し婚礼の儀式を止めるため、ナダカーンの元に向かう。しかし一歩遅く、婚礼の儀式は完了、ナダカーンが無限の願いを叶える力を得てしまった。実はナダカーンが力を求めるのは仲間のためでなく自分のだめだったと知った空賊たちは、ナダカーンと戦おうとするが、ナダカーンの力によって消されてしまう・・・。何とか逃げ延びたドッグシャンクとフリントロックはニンジャたちと協力し、ナダカーンを倒すための作戦を立てる。作戦通り、ニンジャたちがナダカーンと直接戦い、その隙をついてフリントロックが毒矢を放った。その矢はナダカーンをとらえたが、そばにいたニャーにも毒が当たってしまっていた・・・。残る願いはあと1つ。ジェイは目の前で倒れたニャーを見て、｢願いのポットなんか見つからなければよかった｣と心からの願いを叫ぶ。その声はナダカーンの耳に届き、 時が物語の冒頭へと戻った。かたくなにジェイを受け入れなかったニャーが素直にジェイの手を取ると、過去が変わった。スティークスで願いのポットを探していたクラウズは街の人々に見つかり追い回され、ポットは誰にも見つかることなく、海へと流されたのだった。

もう1つの戦い

エレメント・マスターの力を受け継ぐカイ・ジェイ・コール・ゼン・ロイドの5人。マスター・チェンとの死闘の末、ニンジャゴーの世界を守り抜いた彼らに次なる敵が迫る。突然、エレメント・パワーを失ったニンジャたち。慌ててウー先生のもとに帰ると、突然、不吉な風と共にロイドが現れた。だが、様子がおかしい…。いきなり仲間を攻撃してくるロイド。エレメント・パワーが消え、スピン術でも対抗できず、なす術のないニンジャたちは一旦その場から逃げることに。ロイドが突然攻撃してきた原因をウー先生が語り出す。それはゴーストニンジャ・モローの仕業だった。かつてウー先生の弟子だったモロー。自分が伝説のニンジャではないと聞かされた悲しみから、闇にのまれた。そして今、復讐のため暗黒世界から舞い戻ったのだった。ロイドを救い、エレメント・パワーを取り戻すためにはモローより先に初代スピン術マスターの墓を見つけなければならない。手がかりとなる“エアー術の書”を求めて、ニンジャたちはヤンのゴースト寺へ。ここには『夜明けまでに寺の外に出なければゴーストになる』という噂があった。夜、怯えながらも寺に忍び込んだニンジャたち。ロイドのため、恐怖心を克服し、ついにエアー術の書を手にする。しかし夜明けは間近!ギリギリのところで脱出に成功、と思いきやコールの姿がない…。夜明けに間に合わなかったコールはこうしてゴーストと化したのだった。

オーバー卿の脅威

ゴーストになってしまったコール。しかし立ち止まってはいられない。モローはすでに初代スピン術マスターの墓に向かっている。モローよりも先に、墓にある強大な力を秘めたパラレルクリスタルを手に入れるため、ニンジャたちも急いで海底に眠る墓を目指す。 なんとか初代スピン術マスターの墓に辿り着いたニンジャたちだったが、そこには難解な3つのミッションが待ち構えていた。途中、モローの攻撃にあいながらもなんとかミッションをクリアしたニンジャたちはついにパラレルクリスタルを見つけ出す。しかしそこに、モローが現れた！ロイドとパラレルクリスタルを交換すると言い出すモローに、どちらも守ろうとニンジャたちが力を尽くして戦う。しかし、パラレルクリスタルはモローの手に・・・。 ロイドだけはなんとか救い出したニンジャたちは、モローから解放されたことでエレメント・パワーを取り戻した。そして改めて、モローから世界を守るため力を合わせて戦うことを決意するのだった。

コンピューターの世界

ついにモローによって暗黒世界の扉が開かれ、ニンジャゴーの世界は大量のゴーストに襲われ始める。 皿なう恐怖であるマザーエミネントの襲来を止め、ニンジャゴーの世界を救うため、サイラス・ボーグにもらった新たなマシンを使い、次々とゴーストを倒していくニンジャたち。そしてロイドはモローとの一騎打ちへ。世界を救うためパラレルクリスタルの破壊を決意するロイド。しかし、暗黒世界の扉からついにマザーエミネントが現れてしまう・・・。圧倒的な大きさと力になす術のないニンジャたち。その時、ニャーがウォーター・マスターの力を解き放った！ついに沈みゆくマザーエミネント。道連れにされるモローを救おうとウー先生は手を伸ばすが、モローはその手を振り切り、代わりにパラレルクリスタルをウー先生に渡すと、海の底へと消えていった。 こうして暗黒世界は消滅し、ニンジャゴーの世界を穏やかな光が包む。 ニンジャたちは改めて仲間を信じ、力を合わせてこの世界を守っていくことを誓うのだった。

ニンジャ、宇宙へ

今日は年に一度の「たましいの日」。先祖や亡くなった人を想い、今ともに生きる人たちとのつながりを想うお祝いの日。さらにとても珍しい“ダークムーン”も重なって、ニンジャゴー・シティは盛り上がりを見せていた。そんななか、街の博物館ではこの日に合わせて“邪悪の展示室”という新たな展示がおこなわれ、かつてニンジャたちに倒された宿敵たちの像が飾られていた。館長の案内で展示品を見て回ったニンジャたちだが、なぜかコールだけを博物館に残して帰ってしまう。実は最近コールは体が時々消えかけ、仲間に声も届かないことがしばしばあったのだ。仲間に置き去りにされたコールに、かつてエアー術を生み出し今では呪われたゴースト寺の主となったヤン先生が呼びかける。ゴースト寺でゴーストになってしまったコールは、自分をこんな姿にしたヤン先生と決着をつけるため展示品の影の剣を持ち出し一人、ゴースト寺へと向かう。しかし、全てはヤン先生のワナだった。持ち出した影の剣の力によって、かつて倒した宿敵たちの魂が解放されてしまう。そして、たましいの日とダークムーンが重なる今宵、影の剣は“よみがえりの裂け目”を開く。ヤン先生は、この裂け目を通って、生き返ろうと考えていたのだった！！そして、かつての姿を取り戻した宿敵たち、マスター・チェン、サムカイ、クリプトー将軍、コズ将軍、そしてモローの復讐が今夜始まる！

決着のとき

よみがえったマスター・チェンやコズ将軍たち。それぞれがニンジャに復讐の対決を挑むが、結局全員倒されてしまう。そんななか、モローは復讐に参加せず、ウー先生へ危険を知らせに向かう。話を聞いたニンジャたちはコールを救うため、ゴースト寺へと急ぐ。その頃コールは、よみがえりの裂け目を開こうとするヤン先生を止めにかかっていた。「お前は仲間や師匠に見捨てられ一人ぼっちだ」とヤン先生に言われ、力を失うコール。そこへバウンティ号が現れ、仲間の呼ぶ声が聞こえてきた！一人ではないことを思い出し、力を取り戻したコールはヤン先生の持つ影の剣を破壊する。剣の呪いが解け、弟子のゴーストたちは裂け目を通り生き返る。負けを認めたヤン先生は「死んで、みなに忘れられるのが怖かった」と話す。コールは「エアー術を生み出した師匠を忘れるわけがない」とヤン先生をはげますのだった。しかしもう時間が無い！閉じかけた裂け目を二人で通り抜けようとするが、ゴースト寺には主がいなければならないというヤン先生は、コールだけを裂け目へと向かわせ、自分は寺へと残ったのだった。ゴーストから元の姿に戻ったコールに大喜びのニンジャたち。さらにコールの提案で、昔の美しい姿を取り戻したヤン先生の寺を修行の場として使うことに。もう人々を脅かすゴーストはいない。ヤン先生のたましいが、寺と、そこに来る人々を温かく見守っていくだろう。

奪われた仲間

VS ロイド

敵か味方か!?謎の男ローニン

恐怖！ゴースト寺の呪い

旋風に挑め！

雲の上の王国

ニンジャ、絶体絶命！

追跡！パラレルクリスタル

封鎖せよ！暗黒世界

最終決戦！マザー・エミネント

ニンジャへの道

決着のとき

よみがえったマスター・チェンやコズ将軍たち。それぞれがニンジャに復讐の対決を挑むが、結局全員倒されてしまう。そんななか、モローは復讐に参加せず、ウー先生へ危険を知らせに向かう。話を聞いたニンジャたちはコールを救うため、ゴースト寺へと急ぐ。その頃コールは、よみがえりの裂け目を開こうとするヤン先生を止めにかかっていた。「お前は仲間や師匠に見捨てられ一人ぼっちだ」とヤン先生に言われ、力を失うコール。そこへバウンティ号が現れ、仲間の呼ぶ声が聞こえてきた！一人ではないことを思い出し、力を取り戻したコールはヤン先生の持つ影の剣を破壊する。剣の呪いが解け、弟子のゴーストたちは裂け目を通り生き返る。負けを認めたヤン先生は「死んで、みなに忘れられるのが怖かった」と話す。コールは「エアー術を生み出した師匠を忘れるわけがない」とヤン先生をはげますのだった。しかしもう時間が無い！閉じかけた裂け目を二人で通り抜けようとするが、ゴースト寺には主がいなければならないというヤン先生は、コールだけを裂け目へと向かわせ、自分は寺へと残ったのだった。ゴーストから元の姿に戻ったコールに大喜びのニンジャたち。さらにコールの提案で、昔の美しい姿を取り戻したヤン先生の寺を修行の場として使うことに。もう人々を脅かすゴーストはいない。ヤン先生のたましいが、寺と、そこに来る人々を温かく見守っていくだろう。