遥か昔、1つの理想を掲げて進む者たちがいた。誰も差別されることのない、全ての者が同じように暮らせる世界を―――そして現在、1つの希望を掲げて進む者たちがいた。誰も犠牲になることのない、全ての者が同じように暮らせる世界を―――シルヴァラントとテセアラ、2つの世界の統合には精霊オリジンの封印を解く必要があった。そんな中、封印の在処を捜索するロイドたちのもとに一人の少年が現れる。彼の名は、古代大戦の勇者と同じ“ミトス”と言った。

マーテル復活を目論むユグドラシル。その永年の願いが成就されようとしていた。ゼロスの裏切りにより、ウィルガイアへと連れ去られてしまったコレット。このままではコレットは、マーテルの魂を迎える器となってしまう…！ロイドたちはユグドラシルの計画を止めるべく、救いの塔の最上階を目指す！！一方クラトスは、オリジンの封印へと赴く。精霊の王・オリジンとユグドラシルの契約を破棄しない限りユグドラシルを倒すことはできないのだ。しかし、オリジンの封印を解く代償として、クラトスは命を捧げなければならなかった…。―――世界再生の旅は、遂に最終局面を迎える。

かつて人間からもエルフからも疎まれ、その姉弟は居場所を追われた。そして姉は凶刃に倒れ、残された弟は決意した。差別のない世界を―――。しかし、ユグドラシルの描いた千年王国は全ての種族を無機生命体に変え、差別のない世界を作るというものだった…。果たしてロイドたちはユグドラシルの歪んだ理想を止めることができるのか？そして、居場所を求めるミトスの心を救うことはできるのか？